Full information on isolate BCC0399 (id:88)

Provenance/primary metadata

id
88
isolate
BCC0399
alias
R-10725
species
Burkholderia ambifaria
genomovar
VII
country
Italy
continent
Europe
source
environmental
BCC number
BCC0399
recA RFLP
AE
ENA accession
ERS785037 www.ebi.ac.uk
sender
Adam Baldwin, University of Warwick, UK
curator
Auto Tagger
update history
4 updates show details
date entered
2006-07-18
datestamp
2016-02-04

Publication (1)

  • Baldwin A, Mahenthiralingam E, Thickett KM, Honeybourne D, Maiden MC, Govan JR, Speert DP, Lipuma JJ, Vandamme P, Dowson CG (2005). Multilocus sequence typing scheme that provides both species and strain differentiation for the Burkholderia cepacia complex. J Clin Microbiol 43:4665-73

Sequence bin

contigs
23
total length
7,359,380 bp
max length
1,801,236 bp
mean length
319,974 bp
N50
1,250,493
L50
3
N90
206,126
L90
9
N95
126,688
L95
11
%GC
66.75
Ns
1
gaps
1
loci tagged
60

Show sequence bin

Analysis

rMLST species identification

RankTaxonTaxonomySupportMatches
SPECIES Burkholderia ambifaria Proteobacteria > Betaproteobacteria > Burkholderiales > Burkholderiaceae > Burkholderia > Burkholderia ambifaria 100%

Analysis performed: 2021-03-15

Schemes and loci

MLST

atpD
74  S 
gltB
71  S 
gyrB
63  S 
recA
83  S 
lepA
50  S 
phaC
47  S 
trpB
64  S 
ST
84
clonal complex
Not defined

Ribosomal MLST

BACT000001 (rpsA)
13942  S 
BACT000002 (rpsB)
10297  S 
BACT000003 (rpsC)
9343  S 
BACT000004 (rpsD)
9986  S 
BACT000005 (rpsE)
797  S 
BACT000006 (rpsF)
613  S 
BACT000007 (rpsG)
645  S 
BACT000008 (rpsH)
628  S 
BACT000009 (rpsI)
654  S 
BACT000010 (rpsJ)
632  S 
BACT000011 (rpsK)
596  S 
BACT000012 (rpsL)
505  S 
BACT000013 (rpsM)
613  S 
BACT000014 (rpsN)
592  S 
BACT000015 (rpsO)
899  S 
BACT000016 (rpsP)
606  S 
BACT000017 (rpsQ)
595  S 
BACT000018 (rpsR)
602  S 
BACT000019 (rpsS)
561  S 
BACT000020 (rpsT)
602  S 
BACT000021 (rpsU)
617  S 
BACT000030 (rplA)
11201  S 
BACT000031 (rplB)
11080  S 
BACT000032 (rplC)
9758  S 
BACT000033 (rplD)
645  S 
BACT000034 (rplE)
8766  S 
BACT000035 (rplF)
617  S 
BACT000036 (rplL)
8836  S 
BACT000038 (rplI)
640  S 
BACT000039 (rplJ)
724  S 
BACT000040 (rplK)
9010  S 
BACT000042 (rplM)
697  S 
BACT000043 (rplN)
477  S 
BACT000044 (rplO)
696  S 
BACT000045 (rplP)
597  S 
BACT000046 (rplQ)
7827  S 
BACT000047 (rplR)
7483  S 
BACT000048 (rplS)
708  S 
BACT000049 (rplT)
8637  S 
BACT000050 (rplU)
571  S 
BACT000051 (rplV)
565  S 
BACT000052 (rplW)
7233  S 
BACT000053 (rplX)
563  S 
BACT000056 (rpmA)
591  S 
BACT000057 (rpmB)
6437  S 
BACT000058 (rpmC)
377  S 
BACT000059 (rpmD)
446  S 
BACT000060 (rpmE)
7545  S 
BACT000061 (rpmF)
889  S 
BACT000062 (rpmG)
6454  S 
BACT000063 (rpmH)
681  S 
BACT000064 (rpmI)
553  S 
BACT000065 (rpmJ)
398  S 
rST
151927
genus
Burkholderia
species
Burkholderia ambifaria
subspecies
Not defined
lineage
Not defined
sublineage
Not defined
other designation
Not defined
notes
Not defined

Tools

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Analysis: