Full information on isolate BCC0410 (id:87)

Provenance/primary metadata

id
87
isolate
BCC0410
alias
MVP/C1 64
species
Burkholderia ambifaria
genomovar
VII
country
Italy
continent
Europe
source
environmental
detail of isolation
Rhizosphere
BCC number
BCC0410
recA RFLP
N
ENA accession
ERS784866 www.ebi.ac.uk
sender
Adam Baldwin, University of Warwick, UK
curator
Charlotte Peeters, Laboratory of Microbiology, LM-UGent, Ghent University, Belgium (E-mail: Charlotte.Peeters@UGent.be)
update history
10 updates show details
date entered
2006-07-19
datestamp
2016-03-09

Publication (1)

  • Baldwin A, Mahenthiralingam E, Thickett KM, Honeybourne D, Maiden MC, Govan JR, Speert DP, Lipuma JJ, Vandamme P, Dowson CG (2005). Multilocus sequence typing scheme that provides both species and strain differentiation for the Burkholderia cepacia complex. J Clin Microbiol 43:4665-73

Sequence bin

contigs
17
total length
7,382,917 bp
max length
2,878,297 bp
mean length
434,290 bp
N50
2,189,960
L50
2
N90
250,162
L90
6
N95
223,343
L95
7
%GC
66.77
Ns
217
gaps
6
loci tagged
60

Show sequence bin

Analysis

rMLST species identification

RankTaxonTaxonomySupportMatches
SPECIES Burkholderia ambifaria Proteobacteria > Betaproteobacteria > Burkholderiales > Burkholderiaceae > Burkholderia > Burkholderia ambifaria 100%

Analysis performed: 2021-03-15

Schemes and loci

MLST

atpD
37  S 
gltB
25  S 
gyrB
156  S 
recA
51  S 
lepA
133  S 
phaC
48  S 
trpB
100  S 
ST
177
clonal complex
83

Ribosomal MLST

BACT000001 (rpsA)
13941  S 
BACT000002 (rpsB)
10288  S 
BACT000003 (rpsC)
9342  S 
BACT000004 (rpsD)
9987  S 
BACT000005 (rpsE)
797  S 
BACT000006 (rpsF)
613  S 
BACT000007 (rpsG)
645  S 
BACT000008 (rpsH)
8176  S 
BACT000009 (rpsI)
654  S 
BACT000010 (rpsJ)
632  S 
BACT000011 (rpsK)
596  S 
BACT000012 (rpsL)
505  S 
BACT000013 (rpsM)
7705  S 
BACT000014 (rpsN)
592  S 
BACT000015 (rpsO)
7795  S 
BACT000016 (rpsP)
606  S 
BACT000017 (rpsQ)
595  S 
BACT000018 (rpsR)
602  S 
BACT000019 (rpsS)
561  S 
BACT000020 (rpsT)
602  S 
BACT000021 (rpsU)
617, 618  S 
BACT000030 (rplA)
11200  S 
BACT000031 (rplB)
717  S 
BACT000032 (rplC)
657  S 
BACT000033 (rplD)
645  S 
BACT000034 (rplE)
600  S 
BACT000035 (rplF)
617  S 
BACT000036 (rplL)
8825  S 
BACT000038 (rplI)
640  S 
BACT000039 (rplJ)
8415  S 
BACT000040 (rplK)
707  S 
BACT000042 (rplM)
697  S 
BACT000043 (rplN)
477  S 
BACT000044 (rplO)
7710  S 
BACT000045 (rplP)
7973  S 
BACT000046 (rplQ)
7826  S 
BACT000047 (rplR)
641  S 
BACT000048 (rplS)
708  S 
BACT000049 (rplT)
8634  S 
BACT000050 (rplU)
571  S 
BACT000051 (rplV)
565  S 
BACT000052 (rplW)
7232  S 
BACT000053 (rplX)
563  S 
BACT000056 (rpmA)
591  S 
BACT000057 (rpmB)
553  S 
BACT000058 (rpmC)
377  S 
BACT000059 (rpmD)
446  S 
BACT000060 (rpmE)
746  S 
BACT000061 (rpmF)
889  S 
BACT000062 (rpmG)
586  S 
BACT000063 (rpmH)
681  S 
BACT000064 (rpmI)
553  S 
BACT000065 (rpmJ)
398  S 
rST
151928
genus
Burkholderia
species
Burkholderia ambifaria
subspecies
Not defined
lineage
Not defined
sublineage
Not defined
other designation
Not defined
notes
Not defined

Tools

Export:
Analysis: