Full information on isolate BCC0250 (id:85)

Provenance/primary metadata

id
85
isolate
BCC0250
aliases
CEP0958; WM2
species
Burkholderia ambifaria
genomovar
VII
country
Australia
continent
Oceania
source
CF patient
detail of isolation
Sputum
BCC number
BCC0250
year
1994
recA RFLP
N
ENA accession
ERS784819 www.ebi.ac.uk
sender
Adam Baldwin, University of Warwick, UK
curator
Auto Tagger
update history
5 updates show details
date entered
2005-07-01
datestamp
2016-02-04

Publications (2)

  • Baldwin A, Mahenthiralingam E, Drevinek P, Vandamme P, Govan JR, Waine DJ, LiPuma JJ, Chiarini L, Dalmastri C, Henry DA, Speert DP, Honeybourne D, Maiden MC, Dowson CG (2007). Environmental Burkholderia cepacia complex isolates in human infections. Emerg Infect Dis 13:458-61
  • Baldwin A, Mahenthiralingam E, Thickett KM, Honeybourne D, Maiden MC, Govan JR, Speert DP, Lipuma JJ, Vandamme P, Dowson CG (2005). Multilocus sequence typing scheme that provides both species and strain differentiation for the Burkholderia cepacia complex. J Clin Microbiol 43:4665-73

Sequence bin

contigs
22
total length
7,353,668 bp
max length
2,092,710 bp
mean length
334,258 bp
N50
720,978
L50
3
N90
325,577
L90
9
N95
126,535
L95
11
%GC
66.84
Ns
514
gaps
6
loci tagged
60

Show sequence bin

Analysis

rMLST species identification

RankTaxonTaxonomySupportMatches
SPECIES Burkholderia ambifaria Proteobacteria > Betaproteobacteria > Burkholderiales > Burkholderiaceae > Burkholderia > Burkholderia ambifaria 100%

Analysis performed: 2021-03-15

Schemes and loci

MLST

atpD
36  S 
gltB
26  S 
gyrB
89  S 
recA
99  S 
lepA
104  S 
phaC
90  S 
trpB
99  S 
ST
81
clonal complex
Not defined

Ribosomal MLST

BACT000001 (rpsA)
13939  S 
BACT000002 (rpsB)
10282  S 
BACT000003 (rpsC)
9341  S 
BACT000004 (rpsD)
9986  S 
BACT000005 (rpsE)
653  S 
BACT000006 (rpsF)
7459  S 
BACT000007 (rpsG)
8948  S 
BACT000008 (rpsH)
8176  S 
BACT000009 (rpsI)
9103  S 
BACT000010 (rpsJ)
632  S 
BACT000011 (rpsK)
596  S 
BACT000012 (rpsL)
505  S 
BACT000013 (rpsM)
7700  S 
BACT000014 (rpsN)
592  S 
BACT000015 (rpsO)
899  S 
BACT000016 (rpsP)
606  S 
BACT000017 (rpsQ)
595  S 
BACT000018 (rpsR)
602  S 
BACT000019 (rpsS)
561  S 
BACT000020 (rpsT)
602  S 
BACT000021 (rpsU)
616  S 
BACT000030 (rplA)
11198  S 
BACT000031 (rplB)
717  S 
BACT000032 (rplC)
9757  S 
BACT000033 (rplD)
645  S 
BACT000034 (rplE)
1028  S 
BACT000035 (rplF)
617  S 
BACT000036 (rplL)
8825  S 
BACT000038 (rplI)
9502  S 
BACT000039 (rplJ)
724  S 
BACT000040 (rplK)
9002  S 
BACT000042 (rplM)
8469  S 
BACT000043 (rplN)
477  S 
BACT000044 (rplO)
8746  S 
BACT000045 (rplP)
597  S 
BACT000046 (rplQ)
7825  S 
BACT000047 (rplR)
641  S 
BACT000048 (rplS)
708  S 
BACT000049 (rplT)
8583  S 
BACT000050 (rplU)
571  S 
BACT000051 (rplV)
937  S 
BACT000052 (rplW)
581  S 
BACT000053 (rplX)
7379  S 
BACT000056 (rpmA)
591  S 
BACT000057 (rpmB)
553  S 
BACT000058 (rpmC)
377  S 
BACT000059 (rpmD)
446  S 
BACT000060 (rpmE)
7542  S 
BACT000061 (rpmF)
889  S 
BACT000062 (rpmG)
586  S 
BACT000063 (rpmH)
681  S 
BACT000064 (rpmI)
6370  S 
BACT000065 (rpmJ)
398  S 
rST
151923
genus
Burkholderia
species
Burkholderia ambifaria
subspecies
Not defined
lineage
Not defined
sublineage
Not defined
other designation
Not defined
notes
Not defined

Tools

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Analysis: