Full information on isolate BCC0118 (id:80)

Provenance/primary metadata

id
80
isolate
BCC0118
alias
CEP0617
species
Burkholderia ambifaria
genomovar
VII
country
USA
continent
North America
source
CF patient
detail of isolation
Sputum
BCC number
BCC0118
year
1996
recA RFLP
N
ENA accession
ERS784989 www.ebi.ac.uk
sender
Adam Baldwin, University of Warwick, UK
curator
Charlotte Peeters, Laboratory of Microbiology, LM-UGent, Ghent University, Belgium (E-mail: Charlotte.Peeters@UGent.be)
update history
7 updates show details
date entered
2005-07-01
datestamp
2016-03-09

Publication (1)

  • Baldwin A, Mahenthiralingam E, Thickett KM, Honeybourne D, Maiden MC, Govan JR, Speert DP, Lipuma JJ, Vandamme P, Dowson CG (2005). Multilocus sequence typing scheme that provides both species and strain differentiation for the Burkholderia cepacia complex. J Clin Microbiol 43:4665-73

Sequence bin

contigs
22
total length
7,494,568 bp
max length
1,117,733 bp
mean length
340,663 bp
N50
659,556
L50
5
N90
255,634
L90
12
N95
150,526
L95
14
%GC
66.83
Ns
0
gaps
0
loci tagged
60

Show sequence bin

Analysis

rMLST species identification

RankTaxonTaxonomySupportMatches
SPECIES Burkholderia ambifaria Proteobacteria > Betaproteobacteria > Burkholderiales > Burkholderiaceae > Burkholderia > Burkholderia ambifaria 98%

Analysis performed: 2021-03-15

Schemes and loci

MLST

atpD
35  S 
gltB
25  S 
gyrB
123  S 
recA
98  S 
lepA
103  S 
phaC
59  S 
trpB
49  S 
ST
77
clonal complex
76

Ribosomal MLST

BACT000001 (rpsA)
728, 984  S 
BACT000002 (rpsB)
719  S 
BACT000003 (rpsC)
632  S 
BACT000004 (rpsD)
691  S 
BACT000005 (rpsE)
653  S 
BACT000006 (rpsF)
613  S 
BACT000007 (rpsG)
645  S 
BACT000008 (rpsH)
628  S 
BACT000009 (rpsI)
654  S 
BACT000010 (rpsJ)
632  S 
BACT000011 (rpsK)
596  S 
BACT000012 (rpsL)
505  S 
BACT000013 (rpsM)
613  S 
BACT000014 (rpsN)
592  S 
BACT000015 (rpsO)
605  S 
BACT000016 (rpsP)
606  S 
BACT000017 (rpsQ)
595  S 
BACT000018 (rpsR)
602  S 
BACT000019 (rpsS)
561  S 
BACT000020 (rpsT)
602  S 
BACT000021 (rpsU)
474, 617, 618  S 
BACT000030 (rplA)
773  S 
BACT000031 (rplB)
717  S 
BACT000032 (rplC)
657  S 
BACT000033 (rplD)
645  S 
BACT000034 (rplE)
600  S 
BACT000035 (rplF)
617  S 
BACT000036 (rplL)
626  S 
BACT000038 (rplI)
640  S 
BACT000039 (rplJ)
724  S 
BACT000040 (rplK)
707  S 
BACT000042 (rplM)
697  S 
BACT000043 (rplN)
477  S 
BACT000044 (rplO)
696  S 
BACT000045 (rplP)
597  S 
BACT000046 (rplQ)
673  S 
BACT000047 (rplR)
641  S 
BACT000048 (rplS)
708  S 
BACT000049 (rplT)
585  S 
BACT000050 (rplU)
571  S 
BACT000051 (rplV)
565  S 
BACT000052 (rplW)
581  S 
BACT000053 (rplX)
563  S 
BACT000056 (rpmA)
591  S 
BACT000057 (rpmB)
553  S 
BACT000058 (rpmC)
377  S 
BACT000059 (rpmD)
446  S 
BACT000060 (rpmE)
746  S 
BACT000061 (rpmF)
557  S 
BACT000062 (rpmG)
586  S 
BACT000063 (rpmH)
531  S 
BACT000064 (rpmI)
553  S 
BACT000065 (rpmJ)
398  S 
rST
19911
genus
Burkholderia
species
Burkholderia ambifaria
subspecies
Not defined
lineage
Not defined
sublineage
Not defined
other designation
Not defined
notes
Not defined

Tools

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Analysis: