Full information on isolate BCC0124 (id:73)

Provenance/primary metadata

id
73
isolate
BCC0124
alias
CEP0626
species
Burkholderia vietnamiensis
genomovar
V
country
USA
continent
North America
source
CF patient
detail of isolation
Sputum
BCC number
BCC0124
year
1996
recA RFLP
AK
ENA accession
ERS785030 www.ebi.ac.uk
sender
Adam Baldwin, University of Warwick, UK
curator
Auto Tagger
update history
6 updates show details
date entered
2005-07-01
datestamp
2016-02-04

Publication (1)

  • Baldwin A, Mahenthiralingam E, Thickett KM, Honeybourne D, Maiden MC, Govan JR, Speert DP, Lipuma JJ, Vandamme P, Dowson CG (2005). Multilocus sequence typing scheme that provides both species and strain differentiation for the Burkholderia cepacia complex. J Clin Microbiol 43:4665-73

Sequence bin

contigs
55
total length
7,112,111 bp
max length
886,196 bp
mean length
129,312 bp
N50
309,681
L50
8
N90
113,414
L90
22
N95
77,534
L95
26
%GC
66.92
Ns
563
gaps
5
loci tagged
60

Show sequence bin

Analysis

rMLST species identification

RankTaxonTaxonomySupportMatches
SPECIES Burkholderia vietnamiensis Proteobacteria > Betaproteobacteria > Burkholderiales > Burkholderiaceae > Burkholderia > Burkholderia vietnamiensis 100%

Analysis performed: 2021-03-15

Schemes and loci

MLST

atpD
27  S 
gltB
19  S 
gyrB
87  S 
recA
23  S 
lepA
12  S 
phaC
56  S 
trpB
81  S 
ST
69
clonal complex
319

Ribosomal MLST

BACT000001 (rpsA)
13927  S 
BACT000002 (rpsB)
10279  S 
BACT000003 (rpsC)
8010  S 
BACT000004 (rpsD)
9985  S 
BACT000005 (rpsE)
531  S 
BACT000006 (rpsF)
486  S 
BACT000007 (rpsG)
491  S 
BACT000008 (rpsH)
504  S 
BACT000009 (rpsI)
473  S 
BACT000010 (rpsJ)
7827  S 
BACT000011 (rpsK)
442  S 
BACT000012 (rpsL)
860  S 
BACT000013 (rpsM)
466  S 
BACT000014 (rpsN)
490  S 
BACT000015 (rpsO)
7785  S 
BACT000016 (rpsP)
6192  S 
BACT000017 (rpsQ)
480  S 
BACT000018 (rpsR)
470  S 
BACT000019 (rpsS)
412  S 
BACT000020 (rpsT)
497  S 
BACT000021 (rpsU)
2634  S 
BACT000030 (rplA)
11197  S 
BACT000031 (rplB)
11079  S 
BACT000032 (rplC)
8377  S 
BACT000033 (rplD)
523  S 
BACT000034 (rplE)
7442  S 
BACT000035 (rplF)
7728  S 
BACT000036 (rplL)
7375  S 
BACT000038 (rplI)
552  S 
BACT000039 (rplJ)
523  S 
BACT000040 (rplK)
465  S 
BACT000042 (rplM)
519  S 
BACT000043 (rplN)
477  S 
BACT000044 (rplO)
516  S 
BACT000045 (rplP)
440  S 
BACT000046 (rplQ)
7820  S 
BACT000047 (rplR)
6242  S 
BACT000048 (rplS)
8082  S 
BACT000049 (rplT)
476  S 
BACT000050 (rplU)
421  S 
BACT000051 (rplV)
500  S 
BACT000052 (rplW)
496  S 
BACT000053 (rplX)
501  S 
BACT000056 (rpmA)
470  S 
BACT000057 (rpmB)
392  S 
BACT000058 (rpmC)
377  S 
BACT000059 (rpmD)
5406  S 
BACT000060 (rpmE)
501  S 
BACT000061 (rpmF)
414  S 
BACT000062 (rpmG)
479  S 
BACT000063 (rpmH)
396  S 
BACT000064 (rpmI)
473  S 
BACT000065 (rpmJ)
398  S 
rST
152037
genus
Burkholderia
species
Burkholderia vietnamiensis
subspecies
Not defined
lineage
Not defined
sublineage
Not defined
other designation
Not defined
notes
Not defined

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Analysis: