Full information on isolate BCC0151 (id:72)

Provenance/primary metadata

id
72
isolate
BCC0151
alias
FC0353
species
Burkholderia vietnamiensis
genomovar
V
country
USA
continent
North America
source
CF patient
BCC number
BCC0151
year
1996
recA RFLP
AK
ENA accession
ERS784826 www.ebi.ac.uk
sender
Adam Baldwin, University of Warwick, UK
curator
Auto Tagger
update history
5 updates show details
date entered
2005-07-01
datestamp
2016-02-04

Publication (1)

  • Baldwin A, Mahenthiralingam E, Thickett KM, Honeybourne D, Maiden MC, Govan JR, Speert DP, Lipuma JJ, Vandamme P, Dowson CG (2005). Multilocus sequence typing scheme that provides both species and strain differentiation for the Burkholderia cepacia complex. J Clin Microbiol 43:4665-73

Sequence bin

contigs
93
total length
6,084,126 bp
max length
316,436 bp
mean length
65,421 bp
N50
168,450
L50
13
N90
44,779
L90
41
N95
33,537
L95
49
%GC
67.33
Ns
233
gaps
11
loci tagged
60

Show sequence bin

Analysis

rMLST species identification

RankTaxonTaxonomySupportMatches
SPECIES Burkholderia vietnamiensis Proteobacteria > Betaproteobacteria > Burkholderiales > Burkholderiaceae > Burkholderia > Burkholderia vietnamiensis 100%

Analysis performed: 2021-03-15

Schemes and loci

MLST

atpD
27  S 
gltB
102  S 
gyrB
15  S 
recA
23  S 
lepA
35  S 
phaC
11  S 
trpB
63  S 
ST
68
clonal complex
319

Ribosomal MLST

BACT000001 (rpsA)
13937  S 
BACT000002 (rpsB)
10277  S 
BACT000003 (rpsC)
551  S 
BACT000004 (rpsD)
9984  S 
BACT000005 (rpsE)
531  S 
BACT000006 (rpsF)
486  S 
BACT000007 (rpsG)
491  S 
BACT000008 (rpsH)
504  S 
BACT000009 (rpsI)
9102  S 
BACT000010 (rpsJ)
7827  S 
BACT000011 (rpsK)
442  S 
BACT000012 (rpsL)
860  S 
BACT000013 (rpsM)
466  S 
BACT000014 (rpsN)
490  S 
BACT000015 (rpsO)
483  S 
BACT000016 (rpsP)
473  S 
BACT000017 (rpsQ)
480  S 
BACT000018 (rpsR)
470  S 
BACT000019 (rpsS)
412  S 
BACT000020 (rpsT)
497  S 
BACT000021 (rpsU)
2634  S 
BACT000030 (rplA)
11196  S 
BACT000031 (rplB)
573  S 
BACT000032 (rplC)
8377  S 
BACT000033 (rplD)
523  S 
BACT000034 (rplE)
8765  S 
BACT000035 (rplF)
9219  S 
BACT000036 (rplL)
8789  S 
BACT000038 (rplI)
552  S 
BACT000039 (rplJ)
8414  S 
BACT000040 (rplK)
7532  S 
BACT000042 (rplM)
519  S 
BACT000043 (rplN)
477  S 
BACT000044 (rplO)
8743  S 
BACT000045 (rplP)
440  S 
BACT000046 (rplQ)
7824  S 
BACT000047 (rplR)
6242  S 
BACT000048 (rplS)
8082  S 
BACT000049 (rplT)
8567  S 
BACT000050 (rplU)
421  S 
BACT000051 (rplV)
500  S 
BACT000052 (rplW)
496  S 
BACT000053 (rplX)
501  S 
BACT000056 (rpmA)
7650  S 
BACT000057 (rpmB)
392  S 
BACT000058 (rpmC)
377  S 
BACT000059 (rpmD)
396  S 
BACT000060 (rpmE)
7531  S 
BACT000061 (rpmF)
414  S 
BACT000062 (rpmG)
479  S 
BACT000063 (rpmH)
396  S 
BACT000064 (rpmI)
473  S 
BACT000065 (rpmJ)
398  S 
rST
152041
genus
Burkholderia
species
Burkholderia vietnamiensis
subspecies
Not defined
lineage
Not defined
sublineage
Not defined
other designation
Not defined
notes
Not defined

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Analysis: