Full information on isolate BCC0581 (id:71)

Provenance/primary metadata

id
71
isolate
BCC0581
aliases
C8395; NA1
species
Burkholderia vietnamiensis
genomovar
V
country
Canada
continent
North America
source
CF patient
detail of isolation
Sputum
BCC number
BCC0581
year
1998
recA RFLP
B
ENA accession
ERS785041 www.ebi.ac.uk
sender
Adam Baldwin, University of Warwick, UK
curator
Auto Tagger
update history
6 updates show details
date entered
2005-07-01
datestamp
2016-02-04

Publications (2)

  • Baldwin A, Mahenthiralingam E, Thickett KM, Honeybourne D, Maiden MC, Govan JR, Speert DP, Lipuma JJ, Vandamme P, Dowson CG (2005). Multilocus sequence typing scheme that provides both species and strain differentiation for the Burkholderia cepacia complex. J Clin Microbiol 43:4665-73
  • Waine DJ, Henry DA, Baldwin A, Speert DP, Honeybourne D, Mahenthiralingam E, Dowson CG (2007). Reliability of multilocus sequence typing of the Burkholderia cepacia complex in cystic fibrosis. J Cyst Fibros 6:215-9

Sequence bin

contigs
2,995
total length
9,513,729 bp
max length
1,311,554 bp
mean length
3,177 bp
N50
299,306
L50
10
N90
792
L90
716
N95
404
L95
1,594
%GC
66.11
Ns
461263
gaps
1554
loci tagged
60

Show sequence bin

Analysis

rMLST species identification

RankTaxonTaxonomySupportMatches
SPECIES Burkholderia vietnamiensis Proteobacteria > Betaproteobacteria > Burkholderiales > Burkholderiaceae > Burkholderia > Burkholderia vietnamiensis 97%
SPECIES Pandoraea pnomenusa Proteobacteria > Betaproteobacteria > Burkholderiales > Burkholderiaceae > Pandoraea > Pandoraea pnomenusa 2%

Analysis performed: 2021-03-15

Schemes and loci

MLST

atpD
27  S 
gltB
103  S 
gyrB
16  S 
recA
23  S 
lepA
49  S 
phaC
56  S 
trpB
63  S 
ST
67
clonal complex
319

Ribosomal MLST

BACT000001 (rpsA)
13935  S 
BACT000002 (rpsB)
10276  S 
BACT000003 (rpsC)
9336  S 
BACT000004 (rpsD)
572  S 
BACT000005 (rpsE)
8618  S 
BACT000006 (rpsF)
486  S 
BACT000007 (rpsG)
491, 2191  S 
BACT000008 (rpsH)
504  S 
BACT000009 (rpsI)
4218  S 
BACT000010 (rpsJ)
507  S 
BACT000011 (rpsK)
7666  S 
BACT000012 (rpsL)
8349  S 
BACT000013 (rpsM)
466  S 
BACT000014 (rpsN)
490  S 
BACT000015 (rpsO)
483  S 
BACT000016 (rpsP)
6192  S 
BACT000017 (rpsQ)
480  S 
BACT000018 (rpsR)
3321  S 
BACT000019 (rpsS)
412  S 
BACT000020 (rpsT)
497  S 
BACT000021 (rpsU)
368, 2634  S 
BACT000030 (rplA)
11193  S 
BACT000031 (rplB)
11074  S 
BACT000032 (rplC)
9756  S 
BACT000033 (rplD)
523  S 
BACT000034 (rplE)
4060  S 
BACT000035 (rplF)
9219  S 
BACT000036 (rplL)
8789  S 
BACT000038 (rplI)
552  S 
BACT000039 (rplJ)
8414  S 
BACT000040 (rplK)
465  S 
BACT000042 (rplM)
519  S 
BACT000043 (rplN)
477  S 
BACT000044 (rplO)
8743  S 
BACT000045 (rplP)
440  S 
BACT000046 (rplQ)
7820  S 
BACT000047 (rplR)
6242  S 
BACT000048 (rplS)
466  S 
BACT000049 (rplT)
476  S 
BACT000050 (rplU)
421  S 
BACT000051 (rplV)
500  S 
BACT000052 (rplW)
496  S 
BACT000053 (rplX)
501, 1917  S 
BACT000056 (rpmA)
470  S 
BACT000057 (rpmB)
392  S 
BACT000058 (rpmC)
377, 1521  S 
BACT000059 (rpmD)
396  S 
BACT000060 (rpmE)
501  S 
BACT000061 (rpmF)
414  S 
BACT000062 (rpmG)
479  S 
BACT000063 (rpmH)
396  S 
BACT000064 (rpmI)
473  S 
BACT000065 (rpmJ)
398, 1308  S 
rST
152048
genus
Burkholderia
species
Burkholderia vietnamiensis
subspecies
Not defined
lineage
Not defined
sublineage
Not defined
other designation
Not defined
notes
Not defined

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