Full information on isolate BCC0104 (id:68)

Provenance/primary metadata

id
68
isolate
BCC0104
alias
CEP0047
species
Burkholderia vietnamiensis
genomovar
V
country
USA
continent
North America
source
non-CF patient
detail of isolation
Lymph node
BCC number
BCC0104
year
1993
recA RFLP
A
ENA accession
ERS785007 www.ebi.ac.uk
sender
Adam Baldwin, University of Warwick, UK
curator
Auto Tagger
update history
5 updates show details
date entered
2005-07-01
datestamp
2016-02-04

Publication (1)

  • Baldwin A, Mahenthiralingam E, Thickett KM, Honeybourne D, Maiden MC, Govan JR, Speert DP, Lipuma JJ, Vandamme P, Dowson CG (2005). Multilocus sequence typing scheme that provides both species and strain differentiation for the Burkholderia cepacia complex. J Clin Microbiol 43:4665-73

Sequence bin

contigs
90
total length
7,060,597 bp
max length
684,600 bp
mean length
78,452 bp
N50
228,863
L50
10
N90
48,330
L90
33
N95
36,112
L95
41
%GC
66.85
Ns
71
gaps
2
loci tagged
60

Show sequence bin

Analysis

rMLST species identification

RankTaxonTaxonomySupportMatches
SPECIES Burkholderia vietnamiensis Proteobacteria > Betaproteobacteria > Burkholderiales > Burkholderiaceae > Burkholderia > Burkholderia vietnamiensis 100%

Analysis performed: 2021-03-15

Schemes and loci

MLST

atpD
27  S 
gltB
19  S 
gyrB
15  S 
recA
22  S 
lepA
48  S 
phaC
11  S 
trpB
17  S 
ST
64
clonal complex
319

Ribosomal MLST

BACT000001 (rpsA)
13927  S 
BACT000002 (rpsB)
10274  S 
BACT000003 (rpsC)
551  S 
BACT000004 (rpsD)
9984  S 
BACT000005 (rpsE)
531  S 
BACT000006 (rpsF)
486  S 
BACT000007 (rpsG)
491  S 
BACT000008 (rpsH)
504  S 
BACT000009 (rpsI)
4218  S 
BACT000010 (rpsJ)
7827  S 
BACT000011 (rpsK)
7663  S 
BACT000012 (rpsL)
860  S 
BACT000013 (rpsM)
466  S 
BACT000014 (rpsN)
490  S 
BACT000015 (rpsO)
483  S 
BACT000016 (rpsP)
7227  S 
BACT000017 (rpsQ)
480  S 
BACT000018 (rpsR)
470  S 
BACT000019 (rpsS)
412  S 
BACT000020 (rpsT)
497  S 
BACT000021 (rpsU)
368, 2634  S 
BACT000030 (rplA)
11192  S 
BACT000031 (rplB)
11078  S 
BACT000032 (rplC)
8377  S 
BACT000033 (rplD)
523  S 
BACT000034 (rplE)
7442  S 
BACT000035 (rplF)
7728  S 
BACT000036 (rplL)
520  S 
BACT000038 (rplI)
552  S 
BACT000039 (rplJ)
523  S 
BACT000040 (rplK)
465  S 
BACT000042 (rplM)
519  S 
BACT000043 (rplN)
477  S 
BACT000044 (rplO)
8743  S 
BACT000045 (rplP)
440  S 
BACT000046 (rplQ)
7820  S 
BACT000047 (rplR)
6242  S 
BACT000048 (rplS)
8057  S 
BACT000049 (rplT)
476  S 
BACT000050 (rplU)
421  S 
BACT000051 (rplV)
500  S 
BACT000052 (rplW)
496  S 
BACT000053 (rplX)
501  S 
BACT000056 (rpmA)
470  S 
BACT000057 (rpmB)
392  S 
BACT000058 (rpmC)
377  S 
BACT000059 (rpmD)
396  S 
BACT000060 (rpmE)
501  S 
BACT000061 (rpmF)
414  S 
BACT000062 (rpmG)
479  S 
BACT000063 (rpmH)
396  S 
BACT000064 (rpmI)
473  S 
BACT000065 (rpmJ)
398  S 
rST
152036
genus
Burkholderia
species
Burkholderia vietnamiensis
subspecies
Not defined
lineage
Not defined
sublineage
Not defined
other designation
Not defined
notes
Not defined

Tools

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Analysis: