Full information on isolate BCC0042 (id:65)

Provenance/primary metadata

id
65
isolate
BCC0042
alias
J1702
species
Burkholderia vietnamiensis
genomovar
V
country
USA
continent
North America
source
hospital environment
detail of isolation
Hospital equipment
BCC number
BCC0042
year
1994
recA RFLP
AK
ENA accession
ERS784972 www.ebi.ac.uk
sender
Adam Baldwin, University of Warwick, UK
curator
Auto Tagger
update history
5 updates show details
date entered
2005-07-01
datestamp
2016-02-04

Publications (2)

  • Baldwin A, Mahenthiralingam E, Drevinek P, Vandamme P, Govan JR, Waine DJ, LiPuma JJ, Chiarini L, Dalmastri C, Henry DA, Speert DP, Honeybourne D, Maiden MC, Dowson CG (2007). Environmental Burkholderia cepacia complex isolates in human infections. Emerg Infect Dis 13:458-61
  • Baldwin A, Mahenthiralingam E, Thickett KM, Honeybourne D, Maiden MC, Govan JR, Speert DP, Lipuma JJ, Vandamme P, Dowson CG (2005). Multilocus sequence typing scheme that provides both species and strain differentiation for the Burkholderia cepacia complex. J Clin Microbiol 43:4665-73

Sequence bin

contigs
49
total length
6,286,813 bp
max length
1,486,783 bp
mean length
128,303 bp
N50
667,227
L50
3
N90
110,800
L90
14
N95
69,901
L95
18
%GC
66.65
Ns
418
gaps
6
loci tagged
60

Show sequence bin

Analysis

rMLST species identification

RankTaxonTaxonomySupportMatches
SPECIES Burkholderia vietnamiensis Proteobacteria > Betaproteobacteria > Burkholderiales > Burkholderiaceae > Burkholderia > Burkholderia vietnamiensis 100%

Analysis performed: 2021-03-15

Schemes and loci

MLST

atpD
27  S 
gltB
20  S 
gyrB
16  S 
recA
23  S 
lepA
35  S 
phaC
56  S 
trpB
17  S 
ST
61
clonal complex
319

Ribosomal MLST

BACT000001 (rpsA)
13925  S 
BACT000002 (rpsB)
10273  S 
BACT000003 (rpsC)
8010  S 
BACT000004 (rpsD)
572  S 
BACT000005 (rpsE)
531  S 
BACT000006 (rpsF)
486  S 
BACT000007 (rpsG)
491  S 
BACT000008 (rpsH)
504  S 
BACT000009 (rpsI)
4218  S 
BACT000010 (rpsJ)
507  S 
BACT000011 (rpsK)
7666  S 
BACT000012 (rpsL)
860  S 
BACT000013 (rpsM)
466  S 
BACT000014 (rpsN)
490  S 
BACT000015 (rpsO)
483  S 
BACT000016 (rpsP)
473  S 
BACT000017 (rpsQ)
480  S 
BACT000018 (rpsR)
3321  S 
BACT000019 (rpsS)
412  S 
BACT000020 (rpsT)
497  S 
BACT000021 (rpsU)
368, 2634  S 
BACT000030 (rplA)
11192  S 
BACT000031 (rplB)
11078  S 
BACT000032 (rplC)
8377  S 
BACT000033 (rplD)
523  S 
BACT000034 (rplE)
7442  S 
BACT000035 (rplF)
7728  S 
BACT000036 (rplL)
8774  S 
BACT000038 (rplI)
552  S 
BACT000039 (rplJ)
523  S 
BACT000040 (rplK)
465  S 
BACT000042 (rplM)
519  S 
BACT000043 (rplN)
477  S 
BACT000044 (rplO)
516  S 
BACT000045 (rplP)
440  S 
BACT000046 (rplQ)
3764  S 
BACT000047 (rplR)
456  S 
BACT000048 (rplS)
8053  S 
BACT000049 (rplT)
476  S 
BACT000050 (rplU)
421  S 
BACT000051 (rplV)
500  S 
BACT000052 (rplW)
7231  S 
BACT000053 (rplX)
501  S 
BACT000056 (rpmA)
470  S 
BACT000057 (rpmB)
392  S 
BACT000058 (rpmC)
377  S 
BACT000059 (rpmD)
5406  S 
BACT000060 (rpmE)
501  S 
BACT000061 (rpmF)
414  S 
BACT000062 (rpmG)
479  S 
BACT000063 (rpmH)
396  S 
BACT000064 (rpmI)
473  S 
BACT000065 (rpmJ)
398  S 
rST
45174
genus
Burkholderia
species
Burkholderia vietnamiensis
subspecies
Not defined
lineage
Not defined
sublineage
Not defined
other designation
Not defined
notes
Not defined

Tools

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Analysis: