Full information on isolate BCC0136 (id:63)

Provenance/primary metadata

id
63
isolate
BCC0136
alias
CEP0706
species
Burkholderia vietnamiensis
genomovar
V
country
Canada
continent
North America
source
CF patient
detail of isolation
Throat
BCC number
BCC0136
year
1997
recA RFLP
A
ENA accession
ERS785029 www.ebi.ac.uk
sender
Adam Baldwin, University of Warwick, UK
curator
Charlotte Peeters, Laboratory of Microbiology, LM-UGent, Ghent University, Belgium (E-mail: Charlotte.Peeters@UGent.be)
update history
7 updates show details
date entered
2005-07-01
datestamp
2016-03-09

Publication (1)

  • Baldwin A, Mahenthiralingam E, Thickett KM, Honeybourne D, Maiden MC, Govan JR, Speert DP, Lipuma JJ, Vandamme P, Dowson CG (2005). Multilocus sequence typing scheme that provides both species and strain differentiation for the Burkholderia cepacia complex. J Clin Microbiol 43:4665-73

Sequence bin

contigs
80
total length
7,291,205 bp
max length
630,226 bp
mean length
91,141 bp
N50
225,055
L50
11
N90
80,708
L90
31
N95
36,987
L95
38
%GC
66.67
Ns
458
gaps
7
loci tagged
60

Show sequence bin

Analysis

rMLST species identification

RankTaxonTaxonomySupportMatches
SPECIES Burkholderia vietnamiensis Proteobacteria > Betaproteobacteria > Burkholderiales > Burkholderiaceae > Burkholderia > Burkholderia vietnamiensis 100%

Analysis performed: 2021-03-15

Schemes and loci

MLST

atpD
27  S 
gltB
103  S 
gyrB
15  S 
recA
96  S 
lepA
36  S 
phaC
56  S 
trpB
17  S 
ST
729
clonal complex
Not defined

Ribosomal MLST

BACT000001 (rpsA)
13923  S 
BACT000002 (rpsB)
10275  S 
BACT000003 (rpsC)
9336  S 
BACT000004 (rpsD)
10087  S 
BACT000005 (rpsE)
8618  S 
BACT000006 (rpsF)
486  S 
BACT000007 (rpsG)
491  S 
BACT000008 (rpsH)
504  S 
BACT000009 (rpsI)
4218  S 
BACT000010 (rpsJ)
7827  S 
BACT000011 (rpsK)
7666  S 
BACT000012 (rpsL)
8349  S 
BACT000013 (rpsM)
466  S 
BACT000014 (rpsN)
490  S 
BACT000015 (rpsO)
483  S 
BACT000016 (rpsP)
473  S 
BACT000017 (rpsQ)
480  S 
BACT000018 (rpsR)
470  S 
BACT000019 (rpsS)
412  S 
BACT000020 (rpsT)
497  S 
BACT000021 (rpsU)
2634  S 
BACT000030 (rplA)
11189  S 
BACT000031 (rplB)
11074  S 
BACT000032 (rplC)
9755  S 
BACT000033 (rplD)
523  S 
BACT000034 (rplE)
8731  S 
BACT000035 (rplF)
9219  S 
BACT000036 (rplL)
520  S 
BACT000038 (rplI)
8164  S 
BACT000039 (rplJ)
8413  S 
BACT000040 (rplK)
465  S 
BACT000042 (rplM)
519  S 
BACT000043 (rplN)
477  S 
BACT000044 (rplO)
8743  S 
BACT000045 (rplP)
440  S 
BACT000046 (rplQ)
3764  S 
BACT000047 (rplR)
6242  S 
BACT000048 (rplS)
8053  S 
BACT000049 (rplT)
476  S 
BACT000050 (rplU)
421  S 
BACT000051 (rplV)
500  S 
BACT000052 (rplW)
7230  S 
BACT000053 (rplX)
501  S 
BACT000056 (rpmA)
470  S 
BACT000057 (rpmB)
392  S 
BACT000058 (rpmC)
377  S 
BACT000059 (rpmD)
396  S 
BACT000060 (rpmE)
501  S 
BACT000061 (rpmF)
414  S 
BACT000062 (rpmG)
479  S 
BACT000063 (rpmH)
396  S 
BACT000064 (rpmI)
473  S 
BACT000065 (rpmJ)
398  S 
rST
45153
genus
Burkholderia
species
Burkholderia vietnamiensis
subspecies
Not defined
lineage
Not defined
sublineage
Not defined
other designation
Not defined
notes
Not defined

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