Full information on isolate BCC1301 (id:522)

Provenance/primary metadata

id
522
isolate
BCC1301
species
Burkholderia vietnamiensis
genomovar
V
country
Unknown
source
industrial
detail of isolation
Industrial process contaminant
BCC number
BCC1301
year
2000
ENA accession
ERS785065 www.ebi.ac.uk
comments
North American
sender
Adam Baldwin, University of Warwick, UK
curator
Auto Tagger
update history
3 updates show details
date entered
2009-01-23
datestamp
2016-02-04

Sequence bin

contigs
137
total length
7,052,990 bp
max length
780,916 bp
mean length
51,482 bp
N50
246,898
L50
9
N90
62,405
L90
32
N95
31,679
L95
39
%GC
66.78
Ns
19306
gaps
72
loci tagged
53

Show sequence bin

Analysis

rMLST species identification

RankTaxonTaxonomySupportMatches
SPECIES Burkholderia vietnamiensis Proteobacteria > Betaproteobacteria > Burkholderiales > Burkholderiaceae > Burkholderia > Burkholderia vietnamiensis 100%

Analysis performed: 2021-03-15

Schemes and loci

MLST

atpD
27
gltB
20
gyrB
16
recA
48
lepA
12
phaC
11
trpB
17
ST
60
clonal complex
319

Ribosomal MLST

BACT000001 (rpsA)
581  S 
BACT000002 (rpsB)
557  S 
BACT000003 (rpsC)
551  S 
BACT000004 (rpsD)
572  S 
BACT000005 (rpsE)
531  S 
BACT000006 (rpsF)
486  S 
BACT000007 (rpsG)
491  S 
BACT000008 (rpsH)
504  S 
BACT000009 (rpsI)
473  S 
BACT000010 (rpsJ)
507  S 
BACT000011 (rpsK)
442  S 
BACT000012 (rpsL)
510  S 
BACT000013 (rpsM)
466  S 
BACT000014 (rpsN)
490  S 
BACT000015 (rpsO)
483  S 
BACT000016 (rpsP)
473  S 
BACT000017 (rpsQ)
480  S 
BACT000018 (rpsR)
470  S 
BACT000019 (rpsS)
412  S 
BACT000020 (rpsT)
497  S 
BACT000021 (rpsU)
368, 2634  S 
BACT000030 (rplA)
580  S 
BACT000031 (rplB)
573  S 
BACT000032 (rplC)
551  S 
BACT000033 (rplD)
9539  S 
BACT000034 (rplE)
530  S 
BACT000035 (rplF)
468  S 
BACT000036 (rplL)
520  S 
BACT000038 (rplI)
552  S 
BACT000039 (rplJ)
523  S 
BACT000040 (rplK)
465  S 
BACT000042 (rplM)
519  S 
BACT000043 (rplN)
477  S 
BACT000044 (rplO)
516  S 
BACT000045 (rplP)
440  S 
BACT000046 (rplQ)
419  S 
BACT000047 (rplR)
456  S 
BACT000048 (rplS)
466  S 
BACT000049 (rplT)
476  S 
BACT000050 (rplU)
421  S 
BACT000051 (rplV)
500  S 
BACT000052 (rplW)
496  S 
BACT000053 (rplX)
501  S 
BACT000056 (rpmA)
470  S 
BACT000057 (rpmB)
392  S 
BACT000058 (rpmC)
377  S 
BACT000059 (rpmD)
396  S 
BACT000060 (rpmE)
501  S 
BACT000061 (rpmF)
414  S 
BACT000062 (rpmG)
479  S 
BACT000063 (rpmH)
396  S 
BACT000064 (rpmI)
473  S 
BACT000065 (rpmJ)
398  S 
rST
152049
genus
Burkholderia
species
Burkholderia vietnamiensis
subspecies
Not defined
lineage
Not defined
sublineage
Not defined
other designation
Not defined
notes
Not defined

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