Full information on isolate BCC0067 (id:369)

Provenance/primary metadata

id
369
isolate
BCC0067
aliases
CEP0603; R-53244
species
Burkholderia multivorans
genomovar
II
country
Canada
continent
North America
source
CF patient
detail of isolation
Sputum
BCC number
BCC0067
year
1996
recA RFLP
F
ENA accession
ERS784935 www.ebi.ac.uk
sender
Adam Baldwin, University of Warwick, UK
curator
Charlotte Peeters, Laboratory of Microbiology, LM-UGent, Ghent University, Belgium (E-mail: Charlotte.Peeters@UGent.be)
update history
6 updates show details
date entered
2007-12-03
datestamp
2021-05-20

Publication (1)

  • Baldwin A, Mahenthiralingam E, Drevinek P, Pope C, Waine DJ, Henry DA, Speert DP, Carter P, Vandamme P, LiPuma JJ, Dowson CG (2008). Elucidating global epidemiology of Burkholderia multivorans in cases of cystic fibrosis by multilocus sequence typing. J Clin Microbiol 46:290-5

Sequence bin

contigs
42
total length
6,115,992 bp
max length
934,801 bp
mean length
145,619 bp
N50
349,267
L50
6
N90
121,569
L90
18
N95
65,472
L95
22
%GC
67.36
Ns
125
gaps
2
loci tagged
60

Show sequence bin

Analysis

rMLST species identification

RankTaxonTaxonomySupportMatches
SPECIES Burkholderia multivorans Proteobacteria > Betaproteobacteria > Burkholderiales > Burkholderiaceae > Burkholderia > Burkholderia multivorans 100%

Analysis performed: 2021-03-15

Schemes and loci

MLST

atpD
123  S 
gltB
149  S 
gyrB
165  S 
recA
137  S 
lepA
37  S 
phaC
96  S 
trpB
5  S 
ST
189
clonal complex
Not defined

Ribosomal MLST

BACT000001 (rpsA)
13949  S 
BACT000002 (rpsB)
5555  S 
BACT000003 (rpsC)
8339  S 
BACT000004 (rpsD)
1004  S 
BACT000005 (rpsE)
800  S 
BACT000006 (rpsF)
4279  S 
BACT000007 (rpsG)
1025  S 
BACT000008 (rpsH)
776  S 
BACT000009 (rpsI)
812  S 
BACT000010 (rpsJ)
1021  S 
BACT000011 (rpsK)
1002  S 
BACT000012 (rpsL)
1068  S 
BACT000013 (rpsM)
998  S 
BACT000014 (rpsN)
794  S 
BACT000015 (rpsO)
796  S 
BACT000016 (rpsP)
962  S 
BACT000017 (rpsQ)
935  S 
BACT000018 (rpsR)
919  S 
BACT000019 (rpsS)
667  S 
BACT000020 (rpsT)
724  S 
BACT000021 (rpsU)
623  S 
BACT000030 (rplA)
11206  S 
BACT000031 (rplB)
11097  S 
BACT000032 (rplC)
1070  S 
BACT000033 (rplD)
833  S 
BACT000034 (rplE)
852  S 
BACT000035 (rplF)
9222  S 
BACT000036 (rplL)
8841  S 
BACT000038 (rplI)
927  S 
BACT000039 (rplJ)
963  S 
BACT000040 (rplK)
858  S 
BACT000042 (rplM)
8468  S 
BACT000043 (rplN)
972  S 
BACT000044 (rplO)
996  S 
BACT000045 (rplP)
961  S 
BACT000046 (rplQ)
6949  S 
BACT000047 (rplR)
739  S 
BACT000048 (rplS)
844  S 
BACT000049 (rplT)
831  S 
BACT000050 (rplU)
788  S 
BACT000051 (rplV)
790  S 
BACT000052 (rplW)
771  S 
BACT000053 (rplX)
7390  S 
BACT000056 (rpmA)
6698  S 
BACT000057 (rpmB)
688  S 
BACT000058 (rpmC)
665  S 
BACT000059 (rpmD)
623  S 
BACT000060 (rpmE)
934  S 
BACT000061 (rpmF)
743  S 
BACT000062 (rpmG)
955  S 
BACT000063 (rpmH)
3946  S 
BACT000064 (rpmI)
691  S 
BACT000065 (rpmJ)
398  S 
rST
69943
genus
Burkholderia
species
Burkholderia multivorans
subspecies
Not defined
lineage
Not defined
sublineage
Not defined
other designation
Not defined
notes
Not defined

Tools

Export:
Analysis: