Full information on isolate BCC0244 (id:368)

Provenance/primary metadata

id
368
isolate
BCC0244
alias
CEP0938
species
Burkholderia multivorans
genomovar
II
country
Canada
continent
North America
source
CF patient
detail of isolation
Sputum
BCC number
BCC0244
year
1998
recA RFLP
F
ENA accession
ERS785004 www.ebi.ac.uk
sender
Adam Baldwin, University of Warwick, UK
curator
Charlotte Peeters, Laboratory of Microbiology, LM-UGent, Ghent University, Belgium (E-mail: Charlotte.Peeters@UGent.be)
update history
7 updates show details
date entered
2007-12-03
datestamp
2016-03-09

Publication (1)

  • Baldwin A, Mahenthiralingam E, Drevinek P, Pope C, Waine DJ, Henry DA, Speert DP, Carter P, Vandamme P, LiPuma JJ, Dowson CG (2008). Elucidating global epidemiology of Burkholderia multivorans in cases of cystic fibrosis by multilocus sequence typing. J Clin Microbiol 46:290-5

Sequence bin

contigs
41
total length
6,574,055 bp
max length
955,088 bp
mean length
160,343 bp
N50
435,992
L50
5
N90
145,849
L90
14
N95
72,350
L95
18
%GC
67.17
Ns
119
gaps
2
loci tagged
60

Show sequence bin

Analysis

rMLST species identification

RankTaxonTaxonomySupportMatches
SPECIES Burkholderia multivorans Proteobacteria > Betaproteobacteria > Burkholderiales > Burkholderiaceae > Burkholderia > Burkholderia multivorans 100%

Analysis performed: 2021-03-15

Schemes and loci

MLST

atpD
122  S 
gltB
148  S 
gyrB
164  S 
recA
80  S 
lepA
10  S 
phaC
45  S 
trpB
302  S 
ST
1088
clonal complex
Not defined

Ribosomal MLST

BACT000001 (rpsA)
13948  S 
BACT000002 (rpsB)
1252  S 
BACT000003 (rpsC)
8340  S 
BACT000004 (rpsD)
9991  S 
BACT000005 (rpsE)
800  S 
BACT000006 (rpsF)
790  S 
BACT000007 (rpsG)
846  S 
BACT000008 (rpsH)
776  S 
BACT000009 (rpsI)
812  S 
BACT000010 (rpsJ)
850  S 
BACT000011 (rpsK)
772  S 
BACT000012 (rpsL)
505  S 
BACT000013 (rpsM)
998  S 
BACT000014 (rpsN)
794  S 
BACT000015 (rpsO)
796  S 
BACT000016 (rpsP)
729  S 
BACT000017 (rpsQ)
935  S 
BACT000018 (rpsR)
918  S 
BACT000019 (rpsS)
667  S 
BACT000020 (rpsT)
724  S 
BACT000021 (rpsU)
622, 623  S 
BACT000030 (rplA)
11205  S 
BACT000031 (rplB)
11091  S 
BACT000032 (rplC)
887  S 
BACT000033 (rplD)
833  S 
BACT000034 (rplE)
852  S 
BACT000035 (rplF)
863  S 
BACT000036 (rplL)
815  S 
BACT000038 (rplI)
1040  S 
BACT000039 (rplJ)
4548  S 
BACT000040 (rplK)
6551  S 
BACT000042 (rplM)
838  S 
BACT000043 (rplN)
972  S 
BACT000044 (rplO)
8753  S 
BACT000045 (rplP)
961  S 
BACT000046 (rplQ)
943  S 
BACT000047 (rplR)
739  S 
BACT000048 (rplS)
4695  S 
BACT000049 (rplT)
831  S 
BACT000050 (rplU)
788  S 
BACT000051 (rplV)
790  S 
BACT000052 (rplW)
771  S 
BACT000053 (rplX)
769  S 
BACT000056 (rpmA)
1003  S 
BACT000057 (rpmB)
688  S 
BACT000058 (rpmC)
665  S 
BACT000059 (rpmD)
623  S 
BACT000060 (rpmE)
750  S 
BACT000061 (rpmF)
743  S 
BACT000062 (rpmG)
954  S 
BACT000063 (rpmH)
682  S 
BACT000064 (rpmI)
691  S 
BACT000065 (rpmJ)
398  S 
rST
44852
genus
Burkholderia
species
Burkholderia multivorans
subspecies
Not defined
lineage
Not defined
sublineage
Not defined
other designation
Not defined
notes
Not defined

Tools

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Analysis: