Full information on isolate BCC0059 (id:331)

Provenance/primary metadata

id
331
isolate
BCC0059
aliases
CEP0494; R-53243
species
Burkholderia multivorans
genomovar
II
LMG
29311
country
Canada
continent
North America
source
CF patient
detail of isolation
Sputum
BCC number
BCC0059
year
1995
recA RFLP
F
ENA accession
ERX1955980 www.ebi.ac.uk
comments
LM-UGent WGS
sender
Adam Baldwin, University of Warwick, UK
curator
Charlotte Peeters, Laboratory of Microbiology, LM-UGent, Ghent University, Belgium (E-mail: Charlotte.Peeters@UGent.be)
update history
8 updates show details
date entered
2007-12-13
datestamp
2019-11-20

Publications (2)

  • Baldwin A, Mahenthiralingam E, Drevinek P, Pope C, Waine DJ, Henry DA, Speert DP, Carter P, Vandamme P, LiPuma JJ, Dowson CG (2008). Elucidating global epidemiology of Burkholderia multivorans in cases of cystic fibrosis by multilocus sequence typing. J Clin Microbiol 46:290-5
  • Peeters C, Cooper VS, Hatcher PJ, Verheyde B, Carlier A, Vandamme P (2017). Comparative genomics of Burkholderia multivorans, a ubiquitous pathogen with a highly conserved genomic structure. PLoS One 12:e0176191

Sequence bin

contigs
44
total length
6,762,833 bp
max length
965,703 bp
mean length
153,701 bp
N50
384,200
L50
6
N90
133,703
L90
19
N95
109,597
L95
22
%GC
67.09
Ns
1043
gaps
3
loci tagged
60

Show sequence bin

Analysis

rMLST species identification

RankTaxonTaxonomySupportMatches
SPECIES Burkholderia multivorans Proteobacteria > Betaproteobacteria > Burkholderiales > Burkholderiaceae > Burkholderia > Burkholderia multivorans 100%

Analysis performed: 2021-03-15

Schemes and loci

MLST

atpD
166  S 
gltB
186  S 
gyrB
255  S 
recA
185  S 
lepA
201  S 
phaC
152  S 
trpB
4  S 
ST
287
clonal complex
Not defined

Ribosomal MLST

BACT000001 (rpsA)
13947  S 
BACT000002 (rpsB)
10306  S 
BACT000003 (rpsC)
974  S 
BACT000004 (rpsD)
1004  S 
BACT000005 (rpsE)
800  S 
BACT000006 (rpsF)
7457  S 
BACT000007 (rpsG)
8950  S 
BACT000008 (rpsH)
776  S 
BACT000009 (rpsI)
9139  S 
BACT000010 (rpsJ)
850  S 
BACT000011 (rpsK)
772  S 
BACT000012 (rpsL)
505  S 
BACT000013 (rpsM)
998  S 
BACT000014 (rpsN)
794  S 
BACT000015 (rpsO)
796  S 
BACT000016 (rpsP)
6389  S 
BACT000017 (rpsQ)
711  S 
BACT000018 (rpsR)
918  S 
BACT000019 (rpsS)
667  S 
BACT000020 (rpsT)
724  S 
BACT000021 (rpsU)
622  S 
BACT000030 (rplA)
11202  S 
BACT000031 (rplB)
11082  S 
BACT000032 (rplC)
9762  S 
BACT000033 (rplD)
833  S 
BACT000034 (rplE)
852  S 
BACT000035 (rplF)
1010  S 
BACT000036 (rplL)
815  S 
BACT000038 (rplI)
1040  S 
BACT000039 (rplJ)
7500  S 
BACT000040 (rplK)
9019  S 
BACT000042 (rplM)
838  S 
BACT000043 (rplN)
972  S 
BACT000044 (rplO)
8751  S 
BACT000045 (rplP)
7976  S 
BACT000046 (rplQ)
7829  S 
BACT000047 (rplR)
739  S 
BACT000048 (rplS)
4695  S 
BACT000049 (rplT)
831  S 
BACT000050 (rplU)
788  S 
BACT000051 (rplV)
790  S 
BACT000052 (rplW)
771  S 
BACT000053 (rplX)
769  S 
BACT000056 (rpmA)
1003  S 
BACT000057 (rpmB)
688  S 
BACT000058 (rpmC)
665  S 
BACT000059 (rpmD)
623  S 
BACT000060 (rpmE)
750  S 
BACT000061 (rpmF)
743  S 
BACT000062 (rpmG)
954  S 
BACT000063 (rpmH)
682  S 
BACT000064 (rpmI)
691  S 
BACT000065 (rpmJ)
398  S 
rST
69946
genus
Burkholderia
species
Burkholderia multivorans
subspecies
Not defined
lineage
Not defined
sublineage
Not defined
other designation
Not defined
notes
Not defined

Tools

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Analysis: