Full information on isolate BCC0190 (id:190)

Provenance/primary metadata

id
190
isolate
BCC0190
aliases
FC0622; P220
species
Burkholderia vietnamiensis
genomovar
V
country
USA
continent
North America
source
CF patient
detail of isolation
Sputum
BCC number
BCC0190
recA RFLP
A
ENA accession
ERS785015 www.ebi.ac.uk
sender
Adam Baldwin, University of Warwick, UK
curator
Auto Tagger
update history
5 updates show details
date entered
2007-03-29
datestamp
2016-02-04

Publication (1)

  • Baldwin A, Mahenthiralingam E, Drevinek P, Vandamme P, Govan JR, Waine DJ, LiPuma JJ, Chiarini L, Dalmastri C, Henry DA, Speert DP, Honeybourne D, Maiden MC, Dowson CG (2007). Environmental Burkholderia cepacia complex isolates in human infections. Emerg Infect Dis 13:458-61

Sequence bin

contigs
44
total length
6,164,308 bp
max length
674,790 bp
mean length
140,098 bp
N50
523,281
L50
6
N90
116,096
L90
15
N95
81,262
L95
18
%GC
66.75
Ns
606
gaps
2
loci tagged
60

Show sequence bin

Analysis

rMLST species identification

RankTaxonTaxonomySupportMatches
SPECIES Burkholderia vietnamiensis Proteobacteria > Betaproteobacteria > Burkholderiales > Burkholderiaceae > Burkholderia > Burkholderia vietnamiensis 100%

Analysis performed: 2021-03-15

Schemes and loci

MLST

atpD
27  S 
gltB
20  S 
gyrB
16  S 
recA
23  S 
lepA
35  S 
phaC
56  S 
trpB
17  S 
ST
61
clonal complex
319

Ribosomal MLST

BACT000001 (rpsA)
13925  S 
BACT000002 (rpsB)
10273  S 
BACT000003 (rpsC)
8010  S 
BACT000004 (rpsD)
572  S 
BACT000005 (rpsE)
531  S 
BACT000006 (rpsF)
486  S 
BACT000007 (rpsG)
491  S 
BACT000008 (rpsH)
504  S 
BACT000009 (rpsI)
4218  S 
BACT000010 (rpsJ)
507  S 
BACT000011 (rpsK)
7666  S 
BACT000012 (rpsL)
860  S 
BACT000013 (rpsM)
466  S 
BACT000014 (rpsN)
490  S 
BACT000015 (rpsO)
483  S 
BACT000016 (rpsP)
473  S 
BACT000017 (rpsQ)
480  S 
BACT000018 (rpsR)
3321  S 
BACT000019 (rpsS)
412  S 
BACT000020 (rpsT)
497  S 
BACT000021 (rpsU)
368, 2634  S 
BACT000030 (rplA)
11192  S 
BACT000031 (rplB)
11078  S 
BACT000032 (rplC)
8377  S 
BACT000033 (rplD)
523  S 
BACT000034 (rplE)
7442  S 
BACT000035 (rplF)
7728  S 
BACT000036 (rplL)
8774  S 
BACT000038 (rplI)
552  S 
BACT000039 (rplJ)
523  S 
BACT000040 (rplK)
465  S 
BACT000042 (rplM)
519  S 
BACT000043 (rplN)
477  S 
BACT000044 (rplO)
516  S 
BACT000045 (rplP)
440  S 
BACT000046 (rplQ)
3764  S 
BACT000047 (rplR)
456  S 
BACT000048 (rplS)
8053  S 
BACT000049 (rplT)
476  S 
BACT000050 (rplU)
421  S 
BACT000051 (rplV)
500  S 
BACT000052 (rplW)
7231  S 
BACT000053 (rplX)
501  S 
BACT000056 (rpmA)
470  S 
BACT000057 (rpmB)
392  S 
BACT000058 (rpmC)
377  S 
BACT000059 (rpmD)
5406  S 
BACT000060 (rpmE)
501  S 
BACT000061 (rpmF)
414  S 
BACT000062 (rpmG)
479  S 
BACT000063 (rpmH)
396  S 
BACT000064 (rpmI)
473  S 
BACT000065 (rpmJ)
398  S 
rST
45174
genus
Burkholderia
species
Burkholderia vietnamiensis
subspecies
Not defined
lineage
Not defined
sublineage
Not defined
other designation
Not defined
notes
Not defined

Tools

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Analysis: