Full information on isolate BCC0149 (id:17)

Provenance/primary metadata

id
17
isolate
BCC0149
aliases
#38; FC0328
species
Burkholderia multivorans
genomovar
II
country
USA
continent
North America
source
CF patient
detail of isolation
Sputum
BCC number
BCC0149
year
1995
recA RFLP
F
ENA accession
ERS785050 www.ebi.ac.uk
sender
Adam Baldwin, University of Warwick, UK
curator
Auto Tagger
update history
7 updates show details
date entered
2005-07-01
datestamp
2016-02-04

Publications (2)

  • Baldwin A, Mahenthiralingam E, Drevinek P, Pope C, Waine DJ, Henry DA, Speert DP, Carter P, Vandamme P, LiPuma JJ, Dowson CG (2008). Elucidating global epidemiology of Burkholderia multivorans in cases of cystic fibrosis by multilocus sequence typing. J Clin Microbiol 46:290-5
  • Baldwin A, Mahenthiralingam E, Thickett KM, Honeybourne D, Maiden MC, Govan JR, Speert DP, Lipuma JJ, Vandamme P, Dowson CG (2005). Multilocus sequence typing scheme that provides both species and strain differentiation for the Burkholderia cepacia complex. J Clin Microbiol 43:4665-73

Sequence bin

contigs
41
total length
6,346,020 bp
max length
1,036,422 bp
mean length
154,781 bp
N50
436,404
L50
4
N90
108,081
L90
15
N95
76,971
L95
18
%GC
67.17
Ns
105
gaps
4
loci tagged
60

Show sequence bin

Analysis

rMLST species identification

RankTaxonTaxonomySupportMatches
SPECIES Burkholderia multivorans Proteobacteria > Betaproteobacteria > Burkholderiales > Burkholderiaceae > Burkholderia > Burkholderia multivorans 100%

Analysis performed: 2021-03-15

Schemes and loci

MLST

atpD
97  S 
gltB
50  S 
gyrB
4  S 
recA
79  S 
lepA
37  S 
phaC
63  S 
trpB
55  S 
ST
17
clonal complex
Not defined

Ribosomal MLST

BACT000001 (rpsA)
13922  S 
BACT000002 (rpsB)
10561  S 
BACT000003 (rpsC)
8339  S 
BACT000004 (rpsD)
1004  S 
BACT000005 (rpsE)
1022  S 
BACT000006 (rpsF)
6640  S 
BACT000007 (rpsG)
1025  S 
BACT000008 (rpsH)
776  S 
BACT000009 (rpsI)
812  S 
BACT000010 (rpsJ)
1021  S 
BACT000011 (rpsK)
7854  S 
BACT000012 (rpsL)
1068  S 
BACT000013 (rpsM)
7693  S 
BACT000014 (rpsN)
794  S 
BACT000015 (rpsO)
796  S 
BACT000016 (rpsP)
962  S 
BACT000017 (rpsQ)
935  S 
BACT000018 (rpsR)
919  S 
BACT000019 (rpsS)
6610  S 
BACT000020 (rpsT)
724  S 
BACT000021 (rpsU)
623  S 
BACT000030 (rplA)
11187  S 
BACT000031 (rplB)
11059  S 
BACT000032 (rplC)
1070  S 
BACT000033 (rplD)
9537  S 
BACT000034 (rplE)
852  S 
BACT000035 (rplF)
1010  S 
BACT000036 (rplL)
8773  S 
BACT000038 (rplI)
5090  S 
BACT000039 (rplJ)
963  S 
BACT000040 (rplK)
858  S 
BACT000042 (rplM)
8468  S 
BACT000043 (rplN)
6694  S 
BACT000044 (rplO)
8736  S 
BACT000045 (rplP)
961  S 
BACT000046 (rplQ)
6949  S 
BACT000047 (rplR)
739  S 
BACT000048 (rplS)
844  S 
BACT000049 (rplT)
831  S 
BACT000050 (rplU)
788  S 
BACT000051 (rplV)
7601  S 
BACT000052 (rplW)
771  S 
BACT000053 (rplX)
769  S 
BACT000056 (rpmA)
1003  S 
BACT000057 (rpmB)
688  S 
BACT000058 (rpmC)
665  S 
BACT000059 (rpmD)
623  S 
BACT000060 (rpmE)
934  S 
BACT000061 (rpmF)
743  S 
BACT000062 (rpmG)
954  S 
BACT000063 (rpmH)
3946  S 
BACT000064 (rpmI)
6369  S 
BACT000065 (rpmJ)
398  S 
rST
151999
genus
Burkholderia
species
Burkholderia multivorans
subspecies
Not defined
lineage
Not defined
sublineage
Not defined
other designation
Not defined
notes
Not defined

Tools

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Analysis: