Full information on isolate BCC0478 (id:1668)

Provenance/primary metadata

id
1668
isolate
BCC0478
alias
AU1366
species
Burkholderia ambifaria
country
Unknown
source
CF patient
BCC number
BCC0478
ENA accession
ERS784897 www.ebi.ac.uk
sender
Matthew Bull, Cardiff University, UK
curator
Charlotte Peeters, Laboratory of Microbiology, LM-UGent, Ghent University, Belgium (E-mail: Charlotte.Peeters@UGent.be)
update history
4 updates show details
date entered
2015-10-09
datestamp
2017-10-16

Sequence bin

contigs
18
total length
7,225,473 bp
max length
2,715,335 bp
mean length
401,416 bp
N50
1,126,868
L50
2
N90
334,018
L90
6
N95
274,682
L95
7
%GC
66.82
Ns
34
gaps
3
loci tagged
60

Show sequence bin

Analysis

rMLST species identification

RankTaxonTaxonomySupportMatches
SPECIES Burkholderia ambifaria Proteobacteria > Betaproteobacteria > Burkholderiales > Burkholderiaceae > Burkholderia > Burkholderia ambifaria 100%

Analysis performed: 2021-03-15

Schemes and loci

MLST

atpD
36  S 
gltB
27  S 
gyrB
22  S 
recA
27  S 
lepA
15  S 
phaC
15  S 
trpB
24  S 
ST
80
clonal complex
Not defined

Ribosomal MLST

BACT000001 (rpsA)
13961  S 
BACT000002 (rpsB)
10312  S 
BACT000003 (rpsC)
9347  S 
BACT000004 (rpsD)
9996  S 
BACT000005 (rpsE)
653  S 
BACT000006 (rpsF)
613  S 
BACT000007 (rpsG)
645  S 
BACT000008 (rpsH)
8176  S 
BACT000009 (rpsI)
654  S 
BACT000010 (rpsJ)
632  S 
BACT000011 (rpsK)
596  S 
BACT000012 (rpsL)
505  S 
BACT000013 (rpsM)
7700  S 
BACT000014 (rpsN)
592  S 
BACT000015 (rpsO)
605  S 
BACT000016 (rpsP)
7249  S 
BACT000017 (rpsQ)
595  S 
BACT000018 (rpsR)
602  S 
BACT000019 (rpsS)
561  S 
BACT000020 (rpsT)
602  S 
BACT000021 (rpsU)
617  S 
BACT000030 (rplA)
11214  S 
BACT000031 (rplB)
11105  S 
BACT000032 (rplC)
9858  S 
BACT000033 (rplD)
645  S 
BACT000034 (rplE)
600  S 
BACT000035 (rplF)
9223  S 
BACT000036 (rplL)
8932  S 
BACT000038 (rplI)
9513  S 
BACT000039 (rplJ)
8422  S 
BACT000040 (rplK)
9010  S 
BACT000042 (rplM)
697  S 
BACT000043 (rplN)
477  S 
BACT000044 (rplO)
8760  S 
BACT000045 (rplP)
7978  S 
BACT000046 (rplQ)
7831  S 
BACT000047 (rplR)
641  S 
BACT000048 (rplS)
708  S 
BACT000049 (rplT)
8583  S 
BACT000050 (rplU)
571  S 
BACT000051 (rplV)
565  S 
BACT000052 (rplW)
581  S 
BACT000053 (rplX)
563  S 
BACT000056 (rpmA)
591  S 
BACT000057 (rpmB)
553  S 
BACT000058 (rpmC)
377  S 
BACT000059 (rpmD)
446  S 
BACT000060 (rpmE)
746  S 
BACT000061 (rpmF)
742  S 
BACT000062 (rpmG)
586  S 
BACT000063 (rpmH)
681  S 
BACT000064 (rpmI)
553  S 
BACT000065 (rpmJ)
398  S 
rST
151930
genus
Burkholderia
species
Burkholderia ambifaria
subspecies
Not defined
lineage
Not defined
sublineage
Not defined
other designation
Not defined
notes
Not defined

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