Full information on isolate BCC0477 (id:1667)

Provenance/primary metadata

id
1667
isolate
BCC0477
aliases
AU0216; R-12555
species
Burkholderia ambifaria
genomovar
VII
country
USA
continent
North America
source
CF patient
detail of isolation
Sputum
BCC number
BCC0477
year
1997
recA RFLP
L
ENA accession
ERS784882 www.ebi.ac.uk
comments
AU0216 (=BCC0477) was previously ST-483, but WGS revealed ST-925. Old isolate id 571 was deleted and retired.
sender
Matthew Bull, Cardiff University, UK
curator
Charlotte Peeters, Laboratory of Microbiology, LM-UGent, Ghent University, Belgium (E-mail: Charlotte.Peeters@UGent.be)
update history
4 updates show details
date entered
2015-10-09
datestamp
2017-10-16

Sequence bin

contigs
54
total length
7,813,508 bp
max length
811,558 bp
mean length
144,695 bp
N50
289,778
L50
8
N90
110,821
L90
25
N95
81,982
L95
29
%GC
66.46
Ns
0
gaps
0
loci tagged
60

Show sequence bin

Analysis

rMLST species identification

RankTaxonTaxonomySupportMatches
SPECIES Burkholderia ambifaria Proteobacteria > Betaproteobacteria > Burkholderiales > Burkholderiaceae > Burkholderia > Burkholderia ambifaria 100%

Analysis performed: 2021-03-15

Schemes and loci

MLST

atpD
71  S 
gltB
47  S 
gyrB
126  S 
recA
26  S 
lepA
292  S 
phaC
159  S 
trpB
112  S 
ST
925
clonal complex
Not defined

Ribosomal MLST

BACT000001 (rpsA)
13960  S 
BACT000002 (rpsB)
10311  S 
BACT000003 (rpsC)
9342  S 
BACT000004 (rpsD)
9995  S 
BACT000005 (rpsE)
797  S 
BACT000006 (rpsF)
613  S 
BACT000007 (rpsG)
645  S 
BACT000008 (rpsH)
773  S 
BACT000009 (rpsI)
9143  S 
BACT000010 (rpsJ)
632  S 
BACT000011 (rpsK)
994  S 
BACT000012 (rpsL)
505  S 
BACT000013 (rpsM)
993  S 
BACT000014 (rpsN)
592  S 
BACT000015 (rpsO)
899  S 
BACT000016 (rpsP)
728  S 
BACT000017 (rpsQ)
595  S 
BACT000018 (rpsR)
911  S 
BACT000019 (rpsS)
561  S 
BACT000020 (rpsT)
602  S 
BACT000021 (rpsU)
617  S 
BACT000030 (rplA)
11212  S 
BACT000031 (rplB)
11104  S 
BACT000032 (rplC)
9853  S 
BACT000033 (rplD)
645  S 
BACT000034 (rplE)
8769  S 
BACT000035 (rplF)
860  S 
BACT000036 (rplL)
8825  S 
BACT000038 (rplI)
9512  S 
BACT000039 (rplJ)
832  S 
BACT000040 (rplK)
9089  S 
BACT000042 (rplM)
8494  S 
BACT000043 (rplN)
818  S 
BACT000044 (rplO)
696  S 
BACT000045 (rplP)
597  S 
BACT000046 (rplQ)
7835  S 
BACT000047 (rplR)
7518  S 
BACT000048 (rplS)
8086  S 
BACT000049 (rplT)
8697  S 
BACT000050 (rplU)
571  S 
BACT000051 (rplV)
565  S 
BACT000052 (rplW)
581  S 
BACT000053 (rplX)
7391  S 
BACT000056 (rpmA)
591  S 
BACT000057 (rpmB)
553  S 
BACT000058 (rpmC)
377  S 
BACT000059 (rpmD)
446  S 
BACT000060 (rpmE)
7550  S 
BACT000061 (rpmF)
742  S 
BACT000062 (rpmG)
706  S 
BACT000063 (rpmH)
681  S 
BACT000064 (rpmI)
6376  S 
BACT000065 (rpmJ)
398  S 
rST
66242
genus
Burkholderia
species
Burkholderia ambifaria
subspecies
Not defined
lineage
Not defined
sublineage
Not defined
other designation
Not defined
notes
Not defined

Tools

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Analysis: