Full information on isolate BCC0197 (id:1661)

Provenance/primary metadata

id
1661
isolate
BCC0197
alias
ATCC 51671
species
Burkholderia ambifaria
country
Unknown
source
environmental
BCC number
BCC0197
ENA accession
ERS785076 www.ebi.ac.uk
sender
Matthew Bull, Cardiff University, UK
curator
Charlotte Peeters, Laboratory of Microbiology, LM-UGent, Ghent University, Belgium (E-mail: Charlotte.Peeters@UGent.be)
update history
5 updates show details
date entered
2015-10-09
datestamp
2017-10-16

Sequence bin

contigs
26
total length
7,384,488 bp
max length
1,598,410 bp
mean length
284,019 bp
N50
715,881
L50
4
N90
188,208
L90
10
N95
183,684
L95
11
%GC
66.66
Ns
1
gaps
1
loci tagged
60

Show sequence bin

Analysis

rMLST species identification

RankTaxonTaxonomySupportMatches
SPECIES Burkholderia ambifaria Proteobacteria > Betaproteobacteria > Burkholderiales > Burkholderiaceae > Burkholderia > Burkholderia ambifaria 100%

Analysis performed: 2021-03-15

Schemes and loci

MLST

atpD
34  S 
gltB
74  S 
gyrB
88  S 
recA
97  S 
lepA
432  S 
phaC
89  S 
trpB
98  S 
ST
923
clonal complex
Not defined

Ribosomal MLST

BACT000001 (rpsA)
13956  S 
BACT000002 (rpsB)
10309  S 
BACT000003 (rpsC)
9345  S 
BACT000004 (rpsD)
9987  S 
BACT000005 (rpsE)
653  S 
BACT000006 (rpsF)
613  S 
BACT000007 (rpsG)
645  S 
BACT000008 (rpsH)
8176  S 
BACT000009 (rpsI)
654  S 
BACT000010 (rpsJ)
632  S 
BACT000011 (rpsK)
596  S 
BACT000012 (rpsL)
505  S 
BACT000013 (rpsM)
613  S 
BACT000014 (rpsN)
592  S 
BACT000015 (rpsO)
605  S 
BACT000016 (rpsP)
606  S 
BACT000017 (rpsQ)
595  S 
BACT000018 (rpsR)
602  S 
BACT000019 (rpsS)
561  S 
BACT000020 (rpsT)
602  S 
BACT000021 (rpsU)
617  S 
BACT000030 (rplA)
11201  S 
BACT000031 (rplB)
11103  S 
BACT000032 (rplC)
9764  S 
BACT000033 (rplD)
645  S 
BACT000034 (rplE)
1028  S 
BACT000035 (rplF)
617  S 
BACT000036 (rplL)
8825  S 
BACT000038 (rplI)
9508  S 
BACT000039 (rplJ)
8421  S 
BACT000040 (rplK)
9010  S 
BACT000042 (rplM)
8469  S 
BACT000043 (rplN)
477  S 
BACT000044 (rplO)
8760  S 
BACT000045 (rplP)
7977  S 
BACT000046 (rplQ)
7831  S 
BACT000047 (rplR)
641  S 
BACT000048 (rplS)
708  S 
BACT000049 (rplT)
8696  S 
BACT000050 (rplU)
571  S 
BACT000051 (rplV)
7609  S 
BACT000052 (rplW)
581  S 
BACT000053 (rplX)
563  S 
BACT000056 (rpmA)
591  S 
BACT000057 (rpmB)
553  S 
BACT000058 (rpmC)
377  S 
BACT000059 (rpmD)
446  S 
BACT000060 (rpmE)
746  S 
BACT000061 (rpmF)
742  S 
BACT000062 (rpmG)
586  S 
BACT000063 (rpmH)
681  S 
BACT000064 (rpmI)
553  S 
BACT000065 (rpmJ)
398  S 
rST
151922
genus
Burkholderia
species
Burkholderia ambifaria
subspecies
Not defined
lineage
Not defined
sublineage
Not defined
other designation
Not defined
notes
Not defined

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