Full information on isolate BCC0192 (id:1660)

Provenance/primary metadata

id
1660
isolate
BCC0192
aliases
R-8863; Ral-3
species
Burkholderia ambifaria
country
Unknown
source
environmental
BCC number
BCC0192
ENA accession
ERS785047 www.ebi.ac.uk
sender
Matthew Bull, Cardiff University, UK
curator
Charlotte Peeters, Laboratory of Microbiology, LM-UGent, Ghent University, Belgium (E-mail: Charlotte.Peeters@UGent.be)
update history
6 updates show details
date entered
2015-10-09
datestamp
2017-10-16

Sequence bin

contigs
37
total length
7,403,495 bp
max length
1,264,072 bp
mean length
200,095 bp
N50
589,134
L50
5
N90
163,293
L90
15
N95
125,670
L95
18
%GC
66.73
Ns
590
gaps
4
loci tagged
60

Show sequence bin

Analysis

rMLST species identification

RankTaxonTaxonomySupportMatches
SPECIES Burkholderia ambifaria Proteobacteria > Betaproteobacteria > Burkholderiales > Burkholderiaceae > Burkholderia > Burkholderia ambifaria 100%

Analysis performed: 2021-03-15

Schemes and loci

MLST

atpD
33  S 
gltB
86  S 
gyrB
21  S 
recA
50  S 
lepA
14  S 
phaC
58  S 
trpB
82  S 
ST
79
clonal complex
Not defined

Ribosomal MLST

BACT000001 (rpsA)
13951  S 
BACT000002 (rpsB)
10308  S 
BACT000003 (rpsC)
1161  S 
BACT000004 (rpsD)
9994  S 
BACT000005 (rpsE)
797  S 
BACT000006 (rpsF)
613  S 
BACT000007 (rpsG)
8952  S 
BACT000008 (rpsH)
773  S 
BACT000009 (rpsI)
9141  S 
BACT000010 (rpsJ)
632  S 
BACT000011 (rpsK)
596  S 
BACT000012 (rpsL)
505  S 
BACT000013 (rpsM)
7709  S 
BACT000014 (rpsN)
592  S 
BACT000015 (rpsO)
1024  S 
BACT000016 (rpsP)
7229  S 
BACT000017 (rpsQ)
595  S 
BACT000018 (rpsR)
602  S 
BACT000019 (rpsS)
561  S 
BACT000020 (rpsT)
602  S 
BACT000021 (rpsU)
617  S 
BACT000030 (rplA)
11210  S 
BACT000031 (rplB)
11098  S 
BACT000032 (rplC)
9763  S 
BACT000033 (rplD)
645  S 
BACT000034 (rplE)
848  S 
BACT000035 (rplF)
860  S 
BACT000036 (rplL)
8931  S 
BACT000038 (rplI)
9503  S 
BACT000039 (rplJ)
8420  S 
BACT000040 (rplK)
9078  S 
BACT000042 (rplM)
836  S 
BACT000043 (rplN)
818  S 
BACT000044 (rplO)
8756  S 
BACT000045 (rplP)
785  S 
BACT000046 (rplQ)
7830  S 
BACT000047 (rplR)
641  S 
BACT000048 (rplS)
842  S 
BACT000049 (rplT)
8694  S 
BACT000050 (rplU)
571  S 
BACT000051 (rplV)
565  S 
BACT000052 (rplW)
581  S 
BACT000053 (rplX)
563  S 
BACT000056 (rpmA)
591  S 
BACT000057 (rpmB)
553  S 
BACT000058 (rpmC)
377  S 
BACT000059 (rpmD)
446  S 
BACT000060 (rpmE)
7549  S 
BACT000061 (rpmF)
742  S 
BACT000062 (rpmG)
706  S 
BACT000063 (rpmH)
681  S 
BACT000064 (rpmI)
553  S 
BACT000065 (rpmJ)
398  S 
rST
151921
genus
Burkholderia
species
Burkholderia ambifaria
subspecies
Not defined
lineage
Not defined
sublineage
Not defined
other designation
Not defined
notes
Not defined

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