Full information on isolate BCC0191 (id:1659)

Provenance/primary metadata

id
1659
isolate
BCC0191
alias
HI 2345 (J82)
species
Burkholderia ambifaria
country
USA
continent
North America
source
environmental
BCC number
BCC0191
ENA accession
ERS784799 www.ebi.ac.uk
sender
Matthew Bull, Cardiff University, UK
curator
Charlotte Peeters, Laboratory of Microbiology, LM-UGent, Ghent University, Belgium (E-mail: Charlotte.Peeters@UGent.be)
update history
4 updates show details
date entered
2015-10-09
datestamp
2017-10-16

Sequence bin

contigs
44
total length
7,576,326 bp
max length
1,120,098 bp
mean length
172,190 bp
N50
342,219
L50
6
N90
111,726
L90
18
N95
99,087
L95
21
%GC
66.56
Ns
0
gaps
0
loci tagged
60

Show sequence bin

Analysis

rMLST species identification

RankTaxonTaxonomySupportMatches
SPECIES Burkholderia ambifaria Proteobacteria > Betaproteobacteria > Burkholderiales > Burkholderiaceae > Burkholderia > Burkholderia ambifaria 100%

Analysis performed: 2021-03-15

Schemes and loci

MLST

atpD
32  S 
gltB
23  S 
gyrB
20  S 
recA
26  S 
lepA
13  S 
phaC
158  S 
trpB
23  S 
ST
454
clonal complex
73

Ribosomal MLST

BACT000001 (rpsA)
1019  S 
BACT000002 (rpsB)
10307  S 
BACT000003 (rpsC)
969  S 
BACT000004 (rpsD)
995  S 
BACT000005 (rpsE)
797  S 
BACT000006 (rpsF)
909  S 
BACT000007 (rpsG)
1020  S 
BACT000008 (rpsH)
773  S 
BACT000009 (rpsI)
9140  S 
BACT000010 (rpsJ)
632  S 
BACT000011 (rpsK)
994  S 
BACT000012 (rpsL)
505  S 
BACT000013 (rpsM)
993  S 
BACT000014 (rpsN)
592  S 
BACT000015 (rpsO)
899  S 
BACT000016 (rpsP)
728  S 
BACT000017 (rpsQ)
929  S 
BACT000018 (rpsR)
911  S 
BACT000019 (rpsS)
561  S 
BACT000020 (rpsT)
885  S 
BACT000021 (rpsU)
617  S 
BACT000030 (rplA)
11207  S 
BACT000031 (rplB)
1080  S 
BACT000032 (rplC)
1063  S 
BACT000033 (rplD)
645  S 
BACT000034 (rplE)
1028  S 
BACT000035 (rplF)
617  S 
BACT000036 (rplL)
8849  S 
BACT000038 (rplI)
920  S 
BACT000039 (rplJ)
8419  S 
BACT000040 (rplK)
1011  S 
BACT000042 (rplM)
976  S 
BACT000043 (rplN)
7792  S 
BACT000044 (rplO)
696  S 
BACT000045 (rplP)
597  S 
BACT000046 (rplQ)
936  S 
BACT000047 (rplR)
893  S 
BACT000048 (rplS)
1027  S 
BACT000049 (rplT)
8671  S 
BACT000050 (rplU)
571  S 
BACT000051 (rplV)
937  S 
BACT000052 (rplW)
581  S 
BACT000053 (rplX)
887  S 
BACT000056 (rpmA)
591  S 
BACT000057 (rpmB)
553  S 
BACT000058 (rpmC)
377  S 
BACT000059 (rpmD)
446  S 
BACT000060 (rpmE)
7548  S 
BACT000061 (rpmF)
889  S 
BACT000062 (rpmG)
706  S 
BACT000063 (rpmH)
681  S 
BACT000064 (rpmI)
553  S 
BACT000065 (rpmJ)
398  S 
rST
151920
genus
Burkholderia
species
Burkholderia ambifaria
subspecies
Not defined
lineage
Not defined
sublineage
Not defined
other designation
Not defined
notes
Not defined

Tools

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Analysis: