Full information on isolate BCC0049 (id:115)

Provenance/primary metadata

id
115
isolate
BCC0049
alias
J503
species
Burkholderia arboris
country
Germany
continent
Europe
source
non-CF patient
BCC number
BCC0049
year
1994
recA RFLP
J2
ENA accession
ERS785032 www.ebi.ac.uk
comments
Formerly BCC3 (Baldwin et al. 2005. PubMedID 16145124)
sender
Adam Baldwin, University of Warwick, UK
curator
Charlotte Peeters, Laboratory of Microbiology, LM-UGent, Ghent University, Belgium (E-mail: Charlotte.Peeters@UGent.be)
update history
8 updates show details
date entered
2006-07-17
datestamp
2016-03-09

Publication (1)

  • Baldwin A, Mahenthiralingam E, Thickett KM, Honeybourne D, Maiden MC, Govan JR, Speert DP, Lipuma JJ, Vandamme P, Dowson CG (2005). Multilocus sequence typing scheme that provides both species and strain differentiation for the Burkholderia cepacia complex. J Clin Microbiol 43:4665-73

Sequence bin

contigs
43
total length
8,282,416 bp
max length
1,234,768 bp
mean length
192,615 bp
N50
418,964
L50
6
N90
179,776
L90
18
N95
94,921
L95
21
%GC
66.77
Ns
609
gaps
4
loci tagged
60

Show sequence bin

Analysis

rMLST species identification

RankTaxonTaxonomySupportMatches
SPECIES Burkholderia arboris Proteobacteria > Betaproteobacteria > Burkholderiales > Burkholderiaceae > Burkholderia > Burkholderia arboris 100%

Analysis performed: 2021-03-15

Schemes and loci

MLST

atpD
60  S 
gltB
43  S 
gyrB
36  S 
recA
42  S 
lepA
27  S 
phaC
72  S 
trpB
72  S 
ST
109
clonal complex
109

Ribosomal MLST

BACT000001 (rpsA)
13946  S 
BACT000002 (rpsB)
10299  S 
BACT000003 (rpsC)
9344  S 
BACT000004 (rpsD)
9990  S 
BACT000005 (rpsE)
8621  S 
BACT000006 (rpsF)
7456  S 
BACT000007 (rpsG)
8949  S 
BACT000008 (rpsH)
8182  S 
BACT000009 (rpsI)
9131  S 
BACT000010 (rpsJ)
7828  S 
BACT000011 (rpsK)
7667  S 
BACT000012 (rpsL)
505  S 
BACT000013 (rpsM)
7707  S 
BACT000014 (rpsN)
6983  S 
BACT000015 (rpsO)
7798  S 
BACT000016 (rpsP)
6390  S 
BACT000017 (rpsQ)
6868  S 
BACT000018 (rpsR)
6818  S 
BACT000019 (rpsS)
6617  S 
BACT000020 (rpsT)
7152  S 
BACT000021 (rpsU)
5118  S 
BACT000030 (rplA)
11478  S 
BACT000031 (rplB)
11081  S 
BACT000032 (rplC)
9759  S 
BACT000033 (rplD)
9538  S 
BACT000034 (rplE)
8767  S 
BACT000035 (rplF)
9220  S 
BACT000036 (rplL)
8838  S 
BACT000038 (rplI)
9755  S 
BACT000039 (rplJ)
8416  S 
BACT000040 (rplK)
9016  S 
BACT000042 (rplM)
8488  S 
BACT000043 (rplN)
6202  S 
BACT000044 (rplO)
8750  S 
BACT000045 (rplP)
7974  S 
BACT000046 (rplQ)
7828  S 
BACT000047 (rplR)
7484  S 
BACT000048 (rplS)
8085  S 
BACT000049 (rplT)
8663  S 
BACT000050 (rplU)
7342  S 
BACT000051 (rplV)
7604  S 
BACT000052 (rplW)
7234  S 
BACT000053 (rplX)
7380  S 
BACT000056 (rpmA)
7652  S 
BACT000057 (rpmB)
6439  S 
BACT000058 (rpmC)
377  S 
BACT000059 (rpmD)
5513  S 
BACT000060 (rpmE)
7546  S 
BACT000061 (rpmF)
414  S 
BACT000062 (rpmG)
6455  S 
BACT000063 (rpmH)
1920  S 
BACT000064 (rpmI)
6373  S 
BACT000065 (rpmJ)
398  S 
rST
151953
genus
Burkholderia
species
Burkholderia arboris
subspecies
Not defined
lineage
Not defined
sublineage
Not defined
other designation
Not defined
notes
Not defined

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