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Full information on isolate 08-B-120 (id:6636)

Provenance/meta data

id
6636
isolate
08-B-120
country
South Korea
continent
Asia
region
Seoul
year
2007
serotype
23F
host
human
source
blood
ENA accession
ERR016668 www.ebi.ac.uk
rMLST database accession
32750
sender
Kwan Soo Ko, Dept of Molecular cell Biology, Sungkyunkwan University, Suwon, Korea
curator
Melissa Jansen van Rensburg, Imperial College London, UK (E-mail: m.jansen-van-rensburg@imperial.ac.uk)
update history
6 updates show details
date entered
2008-07-21
datestamp
2019-04-12

Publication (1)

  • Croucher NJ, Harris SR, Fraser C, Quail MA, Burton J, van der Linden M, McGee L, von Gottberg A, Song JH, Ko KS, Pichon B, Baker S, Parry CM, Lambertsen LM, Shahinas D, Pillai DR, Mitchell TJ, Dougan G, Tomasz A, Klugman KP, Parkhill J, Hanage WP, Bentley SD (2011). Rapid pneumococcal evolution in response to clinical interventions. Science 331:430-4

Sequence bin

contigs
251
total length
2,051,259 bp
max length
69,313 bp
mean length
8,173 bp
N50 contig number
28
N50 length (L50)
22,260
N90 contig number
93
N90 length (L90)
5,350
N95 contig number
121
N95 length (L95)
2,439
loci tagged
54
detailed breakdown
Display

Schemes and loci

MLST

aroE 
4
gdh 
4
gki 
2
recP 
4
spi 
4
xpt 
1  S 
ddl 
1
ST
81
clonal complex
Not defined

Ribosomal MLST

BACT000001 (rpsA) 
105  S 
BACT000002 (rpsB) 
68  S 
BACT000003 (rpsC) 
61  S 
BACT000004 (rpsD) 
67  S 
BACT000005 (rpsE) 
23  S 
BACT000006 (rpsF) 
28  S 
BACT000007 (rpsG) 
20  S 
BACT000008 (rpsH) 
38  S 
BACT000009 (rpsI) 
50  S 
BACT000010 (rpsJ) 
48  S 
BACT000011 (rpsK) 
34  S 
BACT000012 (rpsL) 
35  S 
BACT000013 (rpsM) 
23  S 
BACT000014 (rpsN) 
29  S 
BACT000015 (rpsO) 
18  S 
BACT000016 (rpsP) 
20  S 
BACT000017 (rpsQ) 
20  S 
BACT000018 (rpsR) 
21  S 
BACT000019 (rpsS) 
17  S 
BACT000020 (rpsT) 
1557  S 
BACT000021 (rpsU) 
20  S 
BACT000030 (rplA) 
56  S 
BACT000031 (rplB) 
57  S 
BACT000032 (rplC) 
64  S 
BACT000033 (rplD) 
48  S 
BACT000034 (rplE) 
23  S 
BACT000035 (rplF) 
50  S 
BACT000036 (rplL) 
43  S 
BACT000038 (rplI) 
33  S 
BACT000039 (rplJ) 
41  S 
BACT000040 (rplK) 
30  S 
BACT000042 (rplM) 
46  S 
BACT000043 (rplN) 
16  S 
BACT000044 (rplO) 
16  S 
BACT000045 (rplP) 
17  S 
BACT000046 (rplQ) 
37  S 
BACT000047 (rplR) 
18  S 
BACT000048 (rplS) 
54  S 
BACT000049 (rplT) 
49  S 
BACT000050 (rplU) 
19  S 
BACT000051 (rplV) 
31  S 
BACT000052 (rplW) 
1612  S 
BACT000053 (rplX) 
190  S 
BACT000056 (rpmA) 
225  S 
BACT000057 (rpmB) 
25  S 
BACT000058 (rpmC) 
14  S 
BACT000059 (rpmD) 
20  S 
BACT000060 (rpmE) 
17  S 
BACT000061 (rpmF) 
26  S 
BACT000062 (rpmG) 
34, 173, 175  S 
BACT000063 (rpmH) 
26  S 
BACT000064 (rpmI) 
19  S 
BACT000065 (rpmJ) 
16  S 
rST
11404
genus
Streptococcus
species
Streptococcus pneumoniae
subspecies
Not defined
lineage
Not defined
sublineage
Not defined
other designation
Not defined
notes
Not defined

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