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Full information on isolate PAT6420135 (id:48692)

Provenance/meta data

id
48692
isolate
PAT6420135
alias
ATCC 55840
country
Unknown
host
unknown
comments
Sequences from US patent 6420135. Submitted to NCBI as 391 separate accessions. See FASTA headers for accessions.
sender
Melissa Jansen van Rensburg, Imperial College London, UK
curator
Auto Tagger
update history
2 updates show details
date entered
2019-04-12
datestamp
2019-04-12

Publication (1)

  • Hiller NL, Janto B, Hogg JS, Boissy R, Yu S, Powell E, Keefe R, Ehrlich NE, Shen K, Hayes J, Barbadora K, Klimke W, Dernovoy D, Tatusova T, Parkhill J, Bentley SD, Post JC, Ehrlich GD, Hu FZ (2007). Comparative genomic analyses of seventeen Streptococcus pneumoniae strains: insights into the pneumococcal supragenome. J Bacteriol 189:8186-95

Sequence bin

contigs
391
total length
2,057,355 bp
max length
32,768 bp
mean length
5,262 bp
N50 contig number
68
N50 length (L50)
9,897
N90 contig number
214
N90 length (L90)
2,643
N95 contig number
264
N95 length (L95)
1,441
loci tagged
37
detailed breakdown
Display

Schemes and loci

MLST

aroE 
10  S 
gdh 
5  S 
gki 
 
recP 
5  S 
spi 
13  S 
xpt 
10  S 
ddl 
 
ST
Not defined
clonal complex
Not defined

Ribosomal MLST

BACT000001 (rpsA) 
94  S 
BACT000002 (rpsB) 
 
BACT000003 (rpsC) 
61  S 
BACT000004 (rpsD) 
 
BACT000005 (rpsE) 
23  S 
BACT000006 (rpsF) 
28  S 
BACT000007 (rpsG) 
 
BACT000008 (rpsH) 
38  S 
BACT000009 (rpsI) 
50  S 
BACT000010 (rpsJ) 
 
BACT000011 (rpsK) 
34  S 
BACT000012 (rpsL) 
 
BACT000013 (rpsM) 
27  S 
BACT000014 (rpsN) 
28  S 
BACT000015 (rpsO) 
 
BACT000016 (rpsP) 
20  S 
BACT000017 (rpsQ) 
20  S 
BACT000018 (rpsR) 
21  S 
BACT000019 (rpsS) 
17  S 
BACT000020 (rpsT) 
 
BACT000021 (rpsU) 
 
BACT000030 (rplA) 
 
BACT000031 (rplB) 
57  S 
BACT000032 (rplC) 
 
BACT000033 (rplD) 
48  S 
BACT000034 (rplE) 
18  S 
BACT000035 (rplF) 
51  S 
BACT000036 (rplL) 
43  S 
BACT000038 (rplI) 
33  S 
BACT000039 (rplJ) 
 
BACT000040 (rplK) 
 
BACT000042 (rplM) 
 
BACT000043 (rplN) 
16  S 
BACT000044 (rplO) 
16  S 
BACT000045 (rplP) 
17  S 
BACT000046 (rplQ) 
38  S 
BACT000047 (rplR) 
18  S 
BACT000048 (rplS) 
 
BACT000049 (rplT) 
 
BACT000050 (rplU) 
 
BACT000051 (rplV) 
31  S 
BACT000052 (rplW) 
52  S 
BACT000053 (rplX) 
190  S 
BACT000056 (rpmA) 
 
BACT000057 (rpmB) 
25  S 
BACT000058 (rpmC) 
25  S 
BACT000059 (rpmD) 
20  S 
BACT000060 (rpmE) 
 
BACT000061 (rpmF) 
 
BACT000062 (rpmG) 
4289  S 
BACT000063 (rpmH) 
 
BACT000064 (rpmI) 
 
BACT000065 (rpmJ) 
16  S 
rST
Not defined
genus
Not defined
species
Not defined
subspecies
Not defined
lineage
Not defined
sublineage
Not defined
other designation
Not defined
notes
Not defined

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