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Full information on isolate 23782 (id:37797)

Provenance/meta data

id
37797
isolate
23782
alias
ERS005323
country
Russia
continent
Asia
year
2003
serotype
23F
host
human
penicillin
2
erythromycin
32
tetracycline
16
ENA accession
ERR018825 www.ebi.ac.uk
sender
Angela Brueggemann, University of Oxford, UK
curator
Melissa Jansen van Rensburg, Imperial College London, UK (E-mail: m.jansen-van-rensburg@imperial.ac.uk)
update history
3 updates show details
date entered
2017-02-28
datestamp
2019-04-12

Publications (3)

  • Bogaardt C, van Tonder AJ, Brueggemann AB (2015). Genomic analyses of pneumococci reveal a wide diversity of bacteriocins - including pneumocyclicin, a novel circular bacteriocin. BMC Genomics 16:554
  • Brueggemann AB, Harrold CL, Rezaei Javan R, van Tonder AJ, McDonnell AJ, Edwards BA (2017). Pneumococcal prophages are diverse, but not without structure or history. Sci Rep 7:42976
  • Rezaei Javan R, van Tonder AJ, King JP, Harrold CL, Brueggemann AB (2018). Genome Sequencing Reveals a Large and Diverse Repertoire of Antimicrobial Peptides. Front Microbiol 9:2012

Sequence bin

contigs
182
total length
2,138,941 bp
max length
81,822 bp
mean length
11,753 bp
N50 contig number
25
N50 length (L50)
27,664
N90 contig number
79
N90 length (L90)
8,279
N95 contig number
97
N95 length (L95)
4,647
loci tagged
53
detailed breakdown
Display

Schemes and loci

MLST

aroE 
4
gdh 
4
gki 
2
recP 
4
spi 
4
xpt 
1
ddl 
1
ST
81
clonal complex
Not defined

Ribosomal MLST

BACT000001 (rpsA) 
105  S 
BACT000002 (rpsB) 
68  S 
BACT000003 (rpsC) 
61  S 
BACT000004 (rpsD) 
67  S 
BACT000005 (rpsE) 
23  S 
BACT000006 (rpsF) 
28  S 
BACT000007 (rpsG) 
20  S 
BACT000008 (rpsH) 
40  S 
BACT000009 (rpsI) 
50  S 
BACT000010 (rpsJ) 
48  S 
BACT000011 (rpsK) 
34  S 
BACT000012 (rpsL) 
35  S 
BACT000013 (rpsM) 
23  S 
BACT000014 (rpsN) 
29  S 
BACT000015 (rpsO) 
18  S 
BACT000016 (rpsP) 
20  S 
BACT000017 (rpsQ) 
20  S 
BACT000018 (rpsR) 
21  S 
BACT000019 (rpsS) 
28  S 
BACT000020 (rpsT) 
1557  S 
BACT000021 (rpsU) 
20  S 
BACT000030 (rplA) 
56  S 
BACT000031 (rplB) 
54  S 
BACT000032 (rplC) 
62  S 
BACT000033 (rplD) 
49  S 
BACT000034 (rplE) 
48  S 
BACT000035 (rplF) 
53  S 
BACT000036 (rplL) 
43  S 
BACT000038 (rplI) 
33  S 
BACT000039 (rplJ) 
41  S 
BACT000040 (rplK) 
30  S 
BACT000042 (rplM) 
46  S 
BACT000043 (rplN) 
16  S 
BACT000044 (rplO) 
16  S 
BACT000045 (rplP) 
17  S 
BACT000046 (rplQ) 
37  S 
BACT000047 (rplR) 
18  S 
BACT000048 (rplS) 
54  S 
BACT000049 (rplT) 
49  S 
BACT000050 (rplU) 
19  S 
BACT000051 (rplV) 
31  S 
BACT000052 (rplW) 
54  S 
BACT000053 (rplX) 
1259  S 
BACT000056 (rpmA) 
225  S 
BACT000057 (rpmB) 
25  S 
BACT000058 (rpmC) 
14  S 
BACT000059 (rpmD) 
29  S 
BACT000060 (rpmE) 
17  S 
BACT000061 (rpmF) 
26  S 
BACT000062 (rpmG) 
34, 173, 175  S 
BACT000063 (rpmH) 
26  S 
BACT000064 (rpmI) 
19  S 
BACT000065 (rpmJ) 
16  S 
rST
577
genus
Streptococcus
species
Streptococcus pneumoniae
subspecies
Not defined
lineage
Not defined
sublineage
Not defined
other designation
Not defined
notes
Not defined

Tools

Analysis: