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Full information on isolate 1788 (id:37786)

Provenance/meta data

id
37786
isolate
1788
alias
ERS004816
country
USA
continent
North America
year
2005
serotype
19A
diagnosis1
pneumonia
host
human
source
blood
penicillin
4
erythromycin
32
tetracycline
8
chloramphenicol
8
comments
disease isolate
ENA accession
ERR016678 www.ebi.ac.uk
sender
Angela Brueggemann, University of Oxford, UK
curator
Melissa Jansen van Rensburg, Imperial College London, UK (E-mail: m.jansen-van-rensburg@imperial.ac.uk)
update history
6 updates show details
date entered
2017-02-28
datestamp
2019-04-12

Publications (3)

  • Bogaardt C, van Tonder AJ, Brueggemann AB (2015). Genomic analyses of pneumococci reveal a wide diversity of bacteriocins - including pneumocyclicin, a novel circular bacteriocin. BMC Genomics 16:554
  • Brueggemann AB, Harrold CL, Rezaei Javan R, van Tonder AJ, McDonnell AJ, Edwards BA (2017). Pneumococcal prophages are diverse, but not without structure or history. Sci Rep 7:42976
  • Rezaei Javan R, van Tonder AJ, King JP, Harrold CL, Brueggemann AB (2018). Genome Sequencing Reveals a Large and Diverse Repertoire of Antimicrobial Peptides. Front Microbiol 9:2012

Sequence bin

contigs
530
total length
1,969,967 bp
max length
63,733 bp
mean length
3,717 bp
N50 contig number
55
N50 length (L50)
10,168
N90 contig number
217
N90 length (L90)
1,881
N95 contig number
286
N95 length (L95)
941
loci tagged
53
detailed breakdown
Display

Schemes and loci

MLST

aroE 
4
gdh 
4
gki 
2
recP 
5
spi 
4
xpt 
1
ddl 
1
ST
2346
clonal complex
Not defined

Ribosomal MLST

BACT000001 (rpsA) 
105  S 
BACT000002 (rpsB) 
68  S 
BACT000003 (rpsC) 
61  S 
BACT000004 (rpsD) 
67  S 
BACT000005 (rpsE) 
23  S 
BACT000006 (rpsF) 
28  S 
BACT000007 (rpsG) 
20  S 
BACT000008 (rpsH) 
40  S 
BACT000009 (rpsI) 
50  S 
BACT000010 (rpsJ) 
48  S 
BACT000011 (rpsK) 
34  S 
BACT000012 (rpsL) 
35  S 
BACT000013 (rpsM) 
23  S 
BACT000014 (rpsN) 
29  S 
BACT000015 (rpsO) 
18  S 
BACT000016 (rpsP) 
 S  
BACT000017 (rpsQ) 
20  S 
BACT000018 (rpsR) 
21  S 
BACT000019 (rpsS) 
28  S 
BACT000020 (rpsT) 
1557  S 
BACT000021 (rpsU) 
20  S 
BACT000030 (rplA) 
56  S 
BACT000031 (rplB) 
54  S 
BACT000032 (rplC) 
62  S 
BACT000033 (rplD) 
49  S 
BACT000034 (rplE) 
48  S 
BACT000035 (rplF) 
53  S 
BACT000036 (rplL) 
43  S 
BACT000038 (rplI) 
33  S 
BACT000039 (rplJ) 
41  S 
BACT000040 (rplK) 
30  S 
BACT000042 (rplM) 
46  S 
BACT000043 (rplN) 
16  S 
BACT000044 (rplO) 
16  S 
BACT000045 (rplP) 
17  S 
BACT000046 (rplQ) 
37  S 
BACT000047 (rplR) 
18  S 
BACT000048 (rplS) 
54  S 
BACT000049 (rplT) 
49  S 
BACT000050 (rplU) 
19  S 
BACT000051 (rplV) 
31  S 
BACT000052 (rplW) 
54  S 
BACT000053 (rplX) 
1259  S 
BACT000056 (rpmA) 
225  S 
BACT000057 (rpmB) 
25  S 
BACT000058 (rpmC) 
14  S 
BACT000059 (rpmD) 
29  S 
BACT000060 (rpmE) 
17  S 
BACT000061 (rpmF) 
26  S 
BACT000062 (rpmG) 
34, 175  S 
BACT000063 (rpmH) 
26  S 
BACT000064 (rpmI) 
19  S 
BACT000065 (rpmJ) 
16  S 
rST
Not defined
genus
Not defined
species
Not defined
subspecies
Not defined
lineage
Not defined
sublineage
Not defined
other designation
Not defined
notes
Not defined

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