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Full information on isolate 2231 (id:35807)

Provenance/meta data

id
35807
isolate
2231
country
USA
continent
North America
region
Maryland
year
1998
serotype
23F
age yr
42
diagnosis1
pneumonia
host
human
source
blood
penicillin
4
erythromycin
2
tetracycline
>8
chloramphenicol
16
ENA accession
ERR019728 www.ebi.ac.uk
rMLST database accession
18325
sender
Angela Brueggemann, University of Oxford, UK
curator
Melissa Jansen van Rensburg, Imperial College London, UK (E-mail: m.jansen-van-rensburg@imperial.ac.uk)
update history
3 updates show details
date entered
2016-07-13
datestamp
2019-04-12

Publications (4)

  • Bogaardt C, van Tonder AJ, Brueggemann AB (2015). Genomic analyses of pneumococci reveal a wide diversity of bacteriocins - including pneumocyclicin, a novel circular bacteriocin. BMC Genomics 16:554
  • Brueggemann AB, Harrold CL, Rezaei Javan R, van Tonder AJ, McDonnell AJ, Edwards BA (2017). Pneumococcal prophages are diverse, but not without structure or history. Sci Rep 7:42976
  • Croucher NJ, Harris SR, Fraser C, Quail MA, Burton J, van der Linden M, McGee L, von Gottberg A, Song JH, Ko KS, Pichon B, Baker S, Parry CM, Lambertsen LM, Shahinas D, Pillai DR, Mitchell TJ, Dougan G, Tomasz A, Klugman KP, Parkhill J, Hanage WP, Bentley SD (2011). Rapid pneumococcal evolution in response to clinical interventions. Science 331:430-4
  • Rezaei Javan R, van Tonder AJ, King JP, Harrold CL, Brueggemann AB (2018). Genome Sequencing Reveals a Large and Diverse Repertoire of Antimicrobial Peptides. Front Microbiol 9:2012

Sequence bin

contigs
141
total length
2,105,014 bp
max length
131,820 bp
mean length
14,930 bp
N50 contig number
17
N50 length (L50)
36,226
N90 contig number
58
N90 length (L90)
9,782
N95 contig number
73
N95 length (L95)
5,083
loci tagged
60
detailed breakdown
Display

Schemes and loci

MLST

aroE 
4  S 
gdh 
4  S 
gki 
2  S 
recP 
4  S 
spi 
4  S 
xpt 
1  S 
ddl 
1  S 
ST
81
clonal complex
Not defined

Ribosomal MLST

BACT000001 (rpsA) 
105  S 
BACT000002 (rpsB) 
68  S 
BACT000003 (rpsC) 
61  S 
BACT000004 (rpsD) 
67  S 
BACT000005 (rpsE) 
23  S 
BACT000006 (rpsF) 
28  S 
BACT000007 (rpsG) 
20  S 
BACT000008 (rpsH) 
40  S 
BACT000009 (rpsI) 
50  S 
BACT000010 (rpsJ) 
48  S 
BACT000011 (rpsK) 
34  S 
BACT000012 (rpsL) 
35  S 
BACT000013 (rpsM) 
23  S 
BACT000014 (rpsN) 
29  S 
BACT000015 (rpsO) 
18  S 
BACT000016 (rpsP) 
20  S 
BACT000017 (rpsQ) 
20  S 
BACT000018 (rpsR) 
21  S 
BACT000019 (rpsS) 
28  S 
BACT000020 (rpsT) 
1557  S 
BACT000021 (rpsU) 
20  S 
BACT000030 (rplA) 
56  S 
BACT000031 (rplB) 
54  S 
BACT000032 (rplC) 
62  S 
BACT000033 (rplD) 
49  S 
BACT000034 (rplE) 
48  S 
BACT000035 (rplF) 
1336  S 
BACT000036 (rplL) 
43  S 
BACT000038 (rplI) 
33  S 
BACT000039 (rplJ) 
41  S 
BACT000040 (rplK) 
30  S 
BACT000042 (rplM) 
46  S 
BACT000043 (rplN) 
16  S 
BACT000044 (rplO) 
16  S 
BACT000045 (rplP) 
17  S 
BACT000046 (rplQ) 
37  S 
BACT000047 (rplR) 
18  S 
BACT000048 (rplS) 
54  S 
BACT000049 (rplT) 
49  S 
BACT000050 (rplU) 
19  S 
BACT000051 (rplV) 
31  S 
BACT000052 (rplW) 
54  S 
BACT000053 (rplX) 
1259  S 
BACT000056 (rpmA) 
225  S 
BACT000057 (rpmB) 
25  S 
BACT000058 (rpmC) 
14  S 
BACT000059 (rpmD) 
29  S 
BACT000060 (rpmE) 
17  S 
BACT000061 (rpmF) 
26  S 
BACT000062 (rpmG) 
34, 173, 175  S 
BACT000063 (rpmH) 
26  S 
BACT000064 (rpmI) 
19  S 
BACT000065 (rpmJ) 
16  S 
rST
11345
genus
Streptococcus
species
Streptococcus pneumoniae
subspecies
Not defined
lineage
Not defined
sublineage
Not defined
other designation
Not defined
notes
Not defined

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