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Full information on isolate 04-124 (id:29696)

Provenance/meta data

id
29696
isolate
04-124
country
South Korea
continent
Asia
year
2004
serotype
23F
host
human
penicillin
2
erythromycin
32
ENA accession
ERR016662 www.ebi.ac.uk
rMLST database accession
39937
sender
Angela Brueggemann, University of Oxford, UK
curator
Melissa Jansen van Rensburg, Imperial College London, UK (E-mail: m.jansen-van-rensburg@imperial.ac.uk)
update history
4 updates show details
date entered
2015-04-29
datestamp
2019-04-12

Publication (1)

  • Croucher NJ, Harris SR, Fraser C, Quail MA, Burton J, van der Linden M, McGee L, von Gottberg A, Song JH, Ko KS, Pichon B, Baker S, Parry CM, Lambertsen LM, Shahinas D, Pillai DR, Mitchell TJ, Dougan G, Tomasz A, Klugman KP, Parkhill J, Hanage WP, Bentley SD (2011). Rapid pneumococcal evolution in response to clinical interventions. Science 331:430-4

Sequence bin

contigs
565
total length
2,000,698 bp
max length
52,563 bp
mean length
3,542 bp
N50 contig number
52
N50 length (L50)
10,730
N90 contig number
217
N90 length (L90)
1,889
N95 contig number
295
N95 length (L95)
836
loci tagged
60
detailed breakdown
Display

Schemes and loci

MLST

aroE 
4  S 
gdh 
4  S 
gki 
2  S 
recP 
4  S 
spi 
4  S 
xpt 
1  S 
ddl 
1  S 
ST
81
clonal complex
Not defined

Ribosomal MLST

BACT000001 (rpsA) 
 S  
BACT000002 (rpsB) 
68  S 
BACT000003 (rpsC) 
61  S 
BACT000004 (rpsD) 
67  S 
BACT000005 (rpsE) 
23  S 
BACT000006 (rpsF) 
28  S 
BACT000007 (rpsG) 
1949  S 
BACT000008 (rpsH) 
40  S 
BACT000009 (rpsI) 
50  S 
BACT000010 (rpsJ) 
48  S 
BACT000011 (rpsK) 
34  S 
BACT000012 (rpsL) 
796  S 
BACT000013 (rpsM) 
23  S 
BACT000014 (rpsN) 
29  S 
BACT000015 (rpsO) 
18  S 
BACT000016 (rpsP) 
20  S 
BACT000017 (rpsQ) 
20  S 
BACT000018 (rpsR) 
21  S 
BACT000019 (rpsS) 
28  S 
BACT000020 (rpsT) 
49  S 
BACT000021 (rpsU) 
20  S 
BACT000030 (rplA) 
56  S 
BACT000031 (rplB) 
54  S 
BACT000032 (rplC) 
62  S 
BACT000033 (rplD) 
49  S 
BACT000034 (rplE) 
48  S 
BACT000035 (rplF) 
53  S 
BACT000036 (rplL) 
43  S 
BACT000038 (rplI) 
33  S 
BACT000039 (rplJ) 
41  S 
BACT000040 (rplK) 
30  S 
BACT000042 (rplM) 
46  S 
BACT000043 (rplN) 
16  S 
BACT000044 (rplO) 
16  S 
BACT000045 (rplP) 
17  S 
BACT000046 (rplQ) 
37  S 
BACT000047 (rplR) 
18  S 
BACT000048 (rplS) 
54  S 
BACT000049 (rplT) 
49  S 
BACT000050 (rplU) 
19  S 
BACT000051 (rplV) 
31  S 
BACT000052 (rplW) 
54  S 
BACT000053 (rplX) 
1259  S 
BACT000056 (rpmA) 
225  S 
BACT000057 (rpmB) 
25  S 
BACT000058 (rpmC) 
14  S 
BACT000059 (rpmD) 
29  S 
BACT000060 (rpmE) 
17  S 
BACT000061 (rpmF) 
26  S 
BACT000062 (rpmG) 
34, 173, 175  S 
BACT000063 (rpmH) 
26  S 
BACT000064 (rpmI) 
19  S 
BACT000065 (rpmJ) 
16  S 
rST
Not defined
genus
Not defined
species
Not defined
subspecies
Not defined
lineage
Not defined
sublineage
Not defined
other designation
Not defined
notes
Not defined

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