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Full information on isolate 04-036 (id:29695)

Provenance/meta data

id
29695
isolate
04-036
country
South Korea
continent
Asia
year
2004
serotype
6A
host
human
penicillin
2
erythromycin
128
ENA accession
ERR016660 www.ebi.ac.uk
rMLST database accession
115457
sender
Angela Brueggemann, University of Oxford, UK
curator
Melissa Jansen van Rensburg, Imperial College London, UK (E-mail: m.jansen-van-rensburg@imperial.ac.uk)
update history
3 updates show details
date entered
2015-04-29
datestamp
2019-04-12

Publication (1)

  • Croucher NJ, Harris SR, Fraser C, Quail MA, Burton J, van der Linden M, McGee L, von Gottberg A, Song JH, Ko KS, Pichon B, Baker S, Parry CM, Lambertsen LM, Shahinas D, Pillai DR, Mitchell TJ, Dougan G, Tomasz A, Klugman KP, Parkhill J, Hanage WP, Bentley SD (2011). Rapid pneumococcal evolution in response to clinical interventions. Science 331:430-4

Sequence bin

contigs
740
total length
1,915,471 bp
max length
33,215 bp
mean length
2,589 bp
N50 contig number
85
N50 length (L50)
6,801
N90 contig number
339
N90 length (L90)
1,214
N95 contig number
448
N95 length (L95)
621
loci tagged
60
detailed breakdown
Display

Schemes and loci

MLST

aroE 
4  S 
gdh 
4  S 
gki 
2  S 
recP 
4  S 
spi 
4  S 
xpt 
1  S 
ddl 
1  S 
ST
81
clonal complex
Not defined

Ribosomal MLST

BACT000001 (rpsA) 
105  S 
BACT000002 (rpsB) 
68  S 
BACT000003 (rpsC) 
61  S 
BACT000004 (rpsD) 
67  S 
BACT000005 (rpsE) 
23  S 
BACT000006 (rpsF) 
28  S 
BACT000007 (rpsG) 
20  S 
BACT000008 (rpsH) 
40  S 
BACT000009 (rpsI) 
50  S 
BACT000010 (rpsJ) 
48  S 
BACT000011 (rpsK) 
34  S 
BACT000012 (rpsL) 
35  S 
BACT000013 (rpsM) 
23  S 
BACT000014 (rpsN) 
29  S 
BACT000015 (rpsO) 
18  S 
BACT000016 (rpsP) 
20  S 
BACT000017 (rpsQ) 
20  S 
BACT000018 (rpsR) 
21  S 
BACT000019 (rpsS) 
28  S 
BACT000020 (rpsT) 
49  S 
BACT000021 (rpsU) 
20  S 
BACT000030 (rplA) 
56  S 
BACT000031 (rplB) 
54  S 
BACT000032 (rplC) 
62  S 
BACT000033 (rplD) 
49  S 
BACT000034 (rplE) 
48  S 
BACT000035 (rplF) 
53  S 
BACT000036 (rplL) 
43  S 
BACT000038 (rplI) 
33  S 
BACT000039 (rplJ) 
41  S 
BACT000040 (rplK) 
30  S 
BACT000042 (rplM) 
46  S 
BACT000043 (rplN) 
16  S 
BACT000044 (rplO) 
16  S 
BACT000045 (rplP) 
17  S 
BACT000046 (rplQ) 
37  S 
BACT000047 (rplR) 
18  S 
BACT000048 (rplS) 
54  S 
BACT000049 (rplT) 
49  S 
BACT000050 (rplU) 
19  S 
BACT000051 (rplV) 
31  S 
BACT000052 (rplW) 
54  S 
BACT000053 (rplX) 
1259  S 
BACT000056 (rpmA) 
225  S 
BACT000057 (rpmB) 
25  S 
BACT000058 (rpmC) 
14  S 
BACT000059 (rpmD) 
29  S 
BACT000060 (rpmE) 
17  S 
BACT000061 (rpmF) 
26  S 
BACT000062 (rpmG) 
34, 175  S 
BACT000063 (rpmH) 
26  S 
BACT000064 (rpmI) 
19  S 
BACT000065 (rpmJ) 
16  S 
rST
107394
genus
Streptococcus
species
Streptococcus pneumoniae
subspecies
Not defined
lineage
Not defined
sublineage
Not defined
other designation
Not defined
notes
Not defined

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