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Full information on isolate 2682 (id:13176)

Provenance/meta data

id
13176
isolate
2682
country
USA
continent
North America
year
2006
serotype
19A
diagnosis1
pneumonia
host
human
source
blood
penicillin
4
erythromycin
32
tetracycline
8
chloramphenicol
8
ENA accession
ERR016858 www.ebi.ac.uk
sender
Keith Jolley, University of Oxford, UK
curator
Melissa Jansen van Rensburg, University of Oxford, UK (E-mail: Melissa.JansenvanRensburg@ndph.ox.ac.uk)
update history
2 updates show details
date entered
2011-03-18
datestamp
2019-04-12

Publications (3)

  • Bogaardt C, van Tonder AJ, Brueggemann AB (2015). Genomic analyses of pneumococci reveal a wide diversity of bacteriocins - including pneumocyclicin, a novel circular bacteriocin. BMC Genomics 16:554
  • Brueggemann AB, Harrold CL, Rezaei Javan R, van Tonder AJ, McDonnell AJ, Edwards BA (2017). Pneumococcal prophages are diverse, but not without structure or history. Sci Rep 7:42976
  • Rezaei Javan R, van Tonder AJ, King JP, Harrold CL, Brueggemann AB (2018). Genome Sequencing Reveals a Large and Diverse Repertoire of Antimicrobial Peptides. Front Microbiol 9:2012

Sequence bin

contigs
121
total length
2,104,310 bp
max length
131,506 bp
mean length
17,391 bp
N50 contig number
17
N50 length (L50)
42,479
N90 contig number
49
N90 length (L90)
14,066
N95 contig number
59
N95 length (L95)
8,903
loci tagged
53
detailed breakdown
Display

Schemes and loci

MLST

aroE 
4
gdh 
4
gki 
293
recP 
5
spi 
4
xpt 
1
ddl 
1
ST
6220
clonal complex
Not defined

Ribosomal MLST

BACT000001 (rpsA) 
105  S 
BACT000002 (rpsB) 
68  S 
BACT000003 (rpsC) 
61  S 
BACT000004 (rpsD) 
1373  S 
BACT000005 (rpsE) 
23  S 
BACT000006 (rpsF) 
28  S 
BACT000007 (rpsG) 
20  S 
BACT000008 (rpsH) 
40  S 
BACT000009 (rpsI) 
50  S 
BACT000010 (rpsJ) 
48  S 
BACT000011 (rpsK) 
34  S 
BACT000012 (rpsL) 
35  S 
BACT000013 (rpsM) 
23  S 
BACT000014 (rpsN) 
29  S 
BACT000015 (rpsO) 
18  S 
BACT000016 (rpsP) 
20  S 
BACT000017 (rpsQ) 
20  S 
BACT000018 (rpsR) 
21  S 
BACT000019 (rpsS) 
28  S 
BACT000020 (rpsT) 
47  S 
BACT000021 (rpsU) 
20  S 
BACT000030 (rplA) 
56  S 
BACT000031 (rplB) 
54  S 
BACT000032 (rplC) 
62  S 
BACT000033 (rplD) 
49  S 
BACT000034 (rplE) 
48  S 
BACT000035 (rplF) 
53  S 
BACT000036 (rplL) 
43  S 
BACT000038 (rplI) 
33  S 
BACT000039 (rplJ) 
41  S 
BACT000040 (rplK) 
30  S 
BACT000042 (rplM) 
46  S 
BACT000043 (rplN) 
16  S 
BACT000044 (rplO) 
16  S 
BACT000045 (rplP) 
17  S 
BACT000046 (rplQ) 
37  S 
BACT000047 (rplR) 
18  S 
BACT000048 (rplS) 
54  S 
BACT000049 (rplT) 
49  S 
BACT000050 (rplU) 
19  S 
BACT000051 (rplV) 
31  S 
BACT000052 (rplW) 
54  S 
BACT000053 (rplX) 
1259  S 
BACT000056 (rpmA) 
225  S 
BACT000057 (rpmB) 
25  S 
BACT000058 (rpmC) 
14  S 
BACT000059 (rpmD) 
29  S 
BACT000060 (rpmE) 
17  S 
BACT000061 (rpmF) 
34  S 
BACT000062 (rpmG) 
34, 173, 175  S 
BACT000063 (rpmH) 
26  S 
BACT000064 (rpmI) 
19  S 
BACT000065 (rpmJ) 
16  S 
rST
596
genus
Streptococcus
species
Streptococcus pneumoniae
subspecies
Not defined
lineage
Not defined
sublineage
Not defined
other designation
Not defined
notes
Not defined

Tools

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