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Full information on isolate LMG 6993 (id:2685)

Provenance/meta data

id
2685
isolate
LMG 6993
aliases
ATCC 17770; CCUG 2858; DSM 50180
species
Burkholderia lata
LMG
6993
country
Trinidad and Tobago
continent
North America
source
environmental
detail of isolation
Soil
year
1960
comments
LM-UGent WGS
sender
Eliza Depoorter, Laboratory of Microbiology, LM-UGent, Ghent University, Belgium
curator
Auto Tagger
update history
6 updates show details
date entered
2018-05-28
datestamp
2019-04-12

Publications (2)

  • Payne GW, Vandamme P, Morgan SH, Lipuma JJ, Coenye T, Weightman AJ, Jones TH, Mahenthiralingam E (2005). Development of a recA gene-based identification approach for the entire Burkholderia genus. Appl Environ Microbiol 71:3917-27
  • Vanlaere E, Baldwin A, Gevers D, Henry D, De Brandt E, LiPuma JJ, Mahenthiralingam E, Speert DP, Dowson C, Vandamme P (2009). Taxon K, a complex within the Burkholderia cepacia complex, comprises at least two novel species, Burkholderia contaminans sp. nov. and Burkholderia lata sp. nov. Int J Syst Evol Microbiol 59:102-11

Sequence bin

contigs
88
total length
8,813,616 bp
max length
782,427 bp
mean length
100,155 bp
N50 contig number
14
N50 length (L50)
206,256
N90 contig number
41
N90 length (L90)
82,449
N95 contig number
47
N95 length (L95)
51,372
loci tagged
45
detailed breakdown
Display

Schemes and loci

MLST

atpD
189  S 
gltB
230  S 
gyrB
917  S 
recA
163  S 
lepA
216  S 
phaC
178  S 
trpB
163  S 
ST
1416
clonal complex
Not defined

Ribosomal MLST

BACT000001 (rpsA) 
 
BACT000002 (rpsB) 
 
BACT000003 (rpsC) 
541  S 
BACT000004 (rpsD) 
 
BACT000005 (rpsE) 
 
BACT000006 (rpsF) 
482  S 
BACT000007 (rpsG) 
486  S 
BACT000008 (rpsH) 
 
BACT000009 (rpsI) 
463  S 
BACT000010 (rpsJ) 
 
BACT000011 (rpsK) 
436  S 
BACT000012 (rpsL) 
505  S 
BACT000013 (rpsM) 
451  S 
BACT000014 (rpsN) 
480  S 
BACT000015 (rpsO) 
7816  S 
BACT000016 (rpsP) 
470  S 
BACT000017 (rpsQ) 
476  S 
BACT000018 (rpsR) 
464  S 
BACT000019 (rpsS) 
659  S 
BACT000020 (rpsT) 
491  S 
BACT000021 (rpsU) 
23098  S 
BACT000030 (rplA) 
 
BACT000031 (rplB) 
567  S 
BACT000032 (rplC) 
 
BACT000033 (rplD) 
 
BACT000034 (rplE) 
 
BACT000035 (rplF) 
 
BACT000036 (rplL) 
513  S 
BACT000038 (rplI) 
 
BACT000039 (rplJ) 
 
BACT000040 (rplK) 
 
BACT000042 (rplM) 
513  S 
BACT000043 (rplN) 
473  S 
BACT000044 (rplO) 
8849  S 
BACT000045 (rplP) 
435  S 
BACT000046 (rplQ) 
 
BACT000047 (rplR) 
7484  S 
BACT000048 (rplS) 
8123  S 
BACT000049 (rplT) 
471  S 
BACT000050 (rplU) 
419  S 
BACT000051 (rplV) 
4466  S 
BACT000052 (rplW) 
490  S 
BACT000053 (rplX) 
496  S 
BACT000056 (rpmA) 
456  S 
BACT000057 (rpmB) 
387  S 
BACT000058 (rpmC) 
377  S 
BACT000059 (rpmD) 
391  S 
BACT000060 (rpmE) 
495  S 
BACT000061 (rpmF) 
414  S 
BACT000062 (rpmG) 
473  S 
BACT000063 (rpmH) 
391  S 
BACT000064 (rpmI) 
465  S 
BACT000065 (rpmJ) 
398  S 
rST
Not defined
genus
Not defined
species
Not defined
subspecies
Not defined
lineage
Not defined
sublineage
Not defined
other designation
Not defined
notes
Not defined

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Analysis: