CAMP2 allele sequence: id-228
Contig position
- sequence bin id
- 2673
- contig length
- 3004832
- start
- 2828607
- end
- 2829410
- length
- 804
- orientation
- reverse
- complete
- yes
- method
- Illumina
Sequence
GTAAAGACAA TCATTTTCTG CACAGCACAC TCGGTGCCTT GCCCGCACGC AGGCGGGCAA GGCACCGAGT GTTGATGTCA ATTAGCGAGT GCGTTCTGAC TCAGGCAGCC TTCTTGACAT CAGGGGAATT AAATGCGGTC TGATAGGCCG CAAGGAGCTC GGTGCGTGCA GCCTGGATGT TCCCGACGGT CGTCTTTGGG TCCAGTCGAA CGCCGACGGC CTTGGTGATG GCGTGATTGA GCGTCTTGTA CACTGCGGCG CTCTTGTGAC CAAGGATGTA CCGGTCACGG TCGGCGCGCA CCTGCCAGAT TGTCTTGCTG AAGTTGGTGC GTACGTACAC AGTGGCAACG TCATTCGGGG TGAGGTCGGG GTATTGCGAG ACCTTTTCCA GGCGAGCCTT GAGGGCGGCG CCCTCGGCGT CGAGTTCCTT GGCGGTGGAC GCTGGGTTAG CGGTCAGCAG GACGGCCTTG GTGACTTCGA GACCGAGTTC GACGTGGGCG GGGCGGACCT TGTTTTGGAG AGTGGTCGTA GCAGTGTGAA TGGTGTCAAC AGTGGTGGCG ACCAACTTGA TCCTCGGCAT GATCGTCGAC GGGTCGTAGA ACGGGATCCC CCCATGAGCG AGGGTCTCGA TGAGGCCATG CAGGTCGAAG GCAGCCTTGA GAAGATCTCG GATCTGGTCA GAGTAGTCAG AACCGGGGAC GGATTTCTGT ACTGACTGAA GGGTCGCAAT ACGTGCGTTC AGAAGCTGCA TACTATTGCG AGCTTCATTG GCCGAGAGCT CGTGGGTGCT GGTCGCCGAG ATGGTCGTCG TCGGCTCGAC AGCATGAGCA CTGGGAGCTG ACAGCGCCGC TGGCACGAGC ATTGCGCCGA CAAGGAGAGG AGCTACAAGA TGGGTCTTCT TCATAAAGGT TCTCCGTTTA TTGGTTGCGG ATGCCCCGGT CGAGGCAAGC GAAGTGTATC GGATATTTGG ATGGGGGGCG ATGTGATGAA CGGCGTGTAC GCCG
Translation
Internal stop codons at positions: 713, 839 (numbering includes upstream flanking sequence).
V K T I I F C T A H S V P C P H A G G Q G T E C * C Q L A S A F * L F1
* R Q S F S A Q H T R C L A R T Q A G K A P S V D V N * R V R S D F2
K D N H F L H S T L G A L P A R R R A R H R V L M S I S E C V L T F3
1 GTAAAGACAATCATTTTCTGCACAGCACACTCGGTGCCTTGCCCGCACGCAGGCGGGCAAGGCACCGAGTGTTGATGTCAATTAGCGAGTGCGTTCTGAC 100
----:----|----:----|----:----|----:----|----:----|----:----|----:----|----:----|----:----|----:----|
R Q P S * H Q G N * M R S D R P Q G A R C V Q P G C S R R S S L G F1
S G S L L D I R G I K C G L I G R K E L G A C S L D V P D G R L W V F2
Q A A F L T S G E L N A V * * A A R S S V R A A W M F P T V V F G F3
101 TCAGGCAGCCTTCTTGACATCAGGGGAATTAAATGCGGTCTGATAGGCCGCAAGGAGCTCGGTGCGTGCAGCCTGGATGTTCCCGACGGTCGTCTTTGGG 200
----:----|----:----|----:----|----:----|----:----|----:----|----:----|----:----|----:----|----:----|
P V E R R R P W * W R D * A S C T L R R S C D Q G C T G H G R R A F1
Q S N A D G L G D G V I E R L V H C G A L V T K D V P V T V G A H F2
S S R T P T A L V M A * L S V L Y T A A L L * P R M Y R S R S A R T F3
201 TCCAGTCGAACGCCGACGGCCTTGGTGATGGCGTGATTGAGCGTCTTGTACACTGCGGCGCTCTTGTGACCAAGGATGTACCGGTCACGGTCGGCGCGCA 300
----:----|----:----|----:----|----:----|----:----|----:----|----:----|----:----|----:----|----:----|
P A R L S C * S W C V R T Q W Q R H S G * G R G I A R P F P G E P * F1
L P D C L A E V G A Y V H S G N V I R G E V G V L R D L F Q A S L F2
C Q I V L L K L V R T Y T V A T S F G V R S G Y C E T F S R R A L F3
301 CCTGCCAGATTGTCTTGCTGAAGTTGGTGCGTACGTACACAGTGGCAACGTCATTCGGGGTGAGGTCGGGGTATTGCGAGACCTTTTCCAGGCGAGCCTT 400
----:----|----:----|----:----|----:----|----:----|----:----|----:----|----:----|----:----|----:----|
G R R P R R R V P W R W T L G * R S A G R P W * L R D R V R R G R F1
E G G A L G V E F L G G G R W V S G Q Q D G L G D F E T E F D V G G F2
R A A P S A S S S L A V D A G L A V S R T A L V T S R P S S T W A F3
401 GAGGGCGGCGCCCTCGGCGTCGAGTTCCTTGGCGGTGGACGCTGGGTTAGCGGTCAGCAGGACGGCCTTGGTGACTTCGAGACCGAGTTCGACGTGGGCG 500
----:----|----:----|----:----|----:----|----:----|----:----|----:----|----:----|----:----|----:----|
G G P C F G E W S * Q C E W C Q Q W W R P T * S S A * S S T G R R F1
A D L V L E S G R S S V N G V N S G G D Q L D P R H D R R R V V E F2
G R T L F W R V V V A V * M V S T V V A T N L I L G M I V D G S * N F3
501 GGGCGGACCTTGTTTTGGAGAGTGGTCGTAGCAGTGTGAATGGTGTCAACAGTGGTGGCGACCAACTTGATCCTCGGCATGATCGTCGACGGGTCGTAGA 600
----:----|----:----|----:----|----:----|----:----|----:----|----:----|----:----|----:----|----:----|
T G S P H E R G S R * G H A G R R Q P * E D L G S G Q S S Q N R G R F1
R D P P M S E G L D E A M Q V E G S L E K I S D L V R V V R T G D F2
G I P P * A R V S M R P C R S K A A L R R S R I W S E * S E P G T F3
601 ACGGGATCCCCCCATGAGCGAGGGTCTCGATGAGGCCATGCAGGTCGAAGGCAGCCTTGAGAAGATCTCGGATCTGGTCAGAGTAGTCAGAACCGGGGAC 700
----:----|----:----|----:----|----:----|----:----|----:----|----:----|----:----|----:----|----:----|
I S V L T E G S Q Y V R S E A A Y Y C E L H W P R A R G C W S P R F1
G F L Y * L K G R N T C V Q K L H T I A S F I G R E L V G A G R R D F2
D F C T D * R V A I R A F R S C I L L R A S L A E S S W V L V A E F3
701 GGATTTCTGTACTGACTGAAGGGTCGCAATACGTGCGTTCAGAAGCTGCATACTATTGCGAGCTTCATTGGCCGAGAGCTCGTGGGTGCTGGTCGCCGAG 800
----:----|----:----|----:----|----:----|----:----|----:----|----:----|----:----|----:----|----:----|
W S S S A R Q H E H W E L T A P L A R A L R R Q G E E L Q D G S S F1
G R R R L D S M S T G S * Q R R W H E H C A D K E R S Y K M G L L F2
M V V V G S T A * A L G A D S A A G T S I A P T R R G A T R W V F F F3
801 ATGGTCGTCGTCGGCTCGACAGCATGAGCACTGGGAGCTGACAGCGCCGCTGGCACGAGCATTGCGCCGACAAGGAGAGGAGCTACAAGATGGGTCTTCT 900
----:----|----:----|----:----|----:----|----:----|----:----|----:----|----:----|----:----|----:----|
S * R F S V Y W L R M P R S R Q A K C I G Y L D G G R C D E R R V R F1
H K G S P F I G C G C P G R G K R S V S D I W M G G D V M N G V Y F2
I K V L R L L V A D A P V E A S E V Y R I F G W G A M * * T A C T F3
901 TCATAAAGGTTCTCCGTTTATTGGTTGCGGATGCCCCGGTCGAGGCAAGCGAAGTGTATCGGATATTTGGATGGGGGGCGATGTGATGAACGGCGTGTAC 1000
----:----|----:----|----:----|----:----|----:----|----:----|----:----|----:----|----:----|----:----|
R F1
A X F2
P F3
1001 GCCG 1004
----
Contig position
- sequence bin id
- 2673
- contig length
- 3004832
- start
- 2831410
- end
- 2832213
- length
- 804
- orientation
- reverse
- complete
- yes
- method
- Illumina
Sequence
GTAAAGACAA TTTTCTTCTG CACAGCGCAC TCGGTGCCTT GCCCGCACGC AGGCGGGCAA GGCACCGAGT GTTGATGTCA ATTAGCGAGT GCGTTCTGAC TCAGGCAGCC TTCTTGACAT CGGGGGAGTT GAATGCGGTC TGATAGGCCG CAAGGAGCTC GGTGCGTGCA GCCTGGATAT TCCCTACGGT CGTCTTTGGG TTCAGTCGAA CGCCGACGGC CTTGGTGATC GCGTGATTGA GCGTCTTGTA CACTGCGGCG CTCTTGTGAC CAAGGATGTA CCGGTCACGG TTGGCGCGCA CCTGCCAGAT CGTCTTACTG AAGTTGGTGC GTACGTACAC AGTGGCAACG TCATTCGGGG TGAGGTCGGG GTACTGCGAG ACCTTTTCCA GGCGAGCCTT GAGGGCGGCG CCCTCGGCGT CGAGTTCCTT GGCGGTGGAC GCTGGGTTAG CGGTCAGCAG GACGGCCTTG GTGACTTCGA GACCGAGTTC GACGTGGGCG GGGCTGACCT TGTTTTGGAG AGTGGTGGTA GCAGTGTGAA TGGTGTCAAT AGTGGTGGCG ACCAACTTGA TCCTCGGCAT GATCGTCGAA GGGTCGTAGA ACGGGATCCC CCCATGGGCA AGGGTCTCGA TGAGGCCACG CAGGTCGAAG GCAGCCTTGA GAAGATCTCG GATCTGGTCA GAGTAGTCAG AACCGGGGAC GGATTTCTGT ACTGACTGAA GGGTCGCAAT ATGTGCGTTC AGAAGCTGGA TGCTATTGCG AGCGTCACTG GCCGAGAGCT CGTGGGTGCT GGTCGCCGAG ATGGTCGTCG TCGGCTCGAC AGCATGAGCA CTGGGAGCTG ACAGCGCCGC TGGTACGAGC ATTGCGCCGA CAAGGAGGGG AGCTACAAGA TGGGTCTTCT TCATAAAGGT TCTCCGTTTA TTGGTTGCGG ATGCCCCGGT CGAGGCAAGC GAAGTGTATC GGATATTTTG GATGGGGGTC GGTGTGGTGA ACGGCGTGTA CGCC
Translation
Internal stop codons at positions: 713, 839 (numbering includes upstream flanking sequence).
V K T I F F C T A H S V P C P H A G G Q G T E C * C Q L A S A F * L F1
* R Q F S S A Q R T R C L A R T Q A G K A P S V D V N * R V R S D F2
K D N F L L H S A L G A L P A R R R A R H R V L M S I S E C V L T F3
1 GTAAAGACAATTTTCTTCTGCACAGCGCACTCGGTGCCTTGCCCGCACGCAGGCGGGCAAGGCACCGAGTGTTGATGTCAATTAGCGAGTGCGTTCTGAC 100
----:----|----:----|----:----|----:----|----:----|----:----|----:----|----:----|----:----|----:----|
R Q P S * H R G S * M R S D R P Q G A R C V Q P G Y S L R S S L G F1
S G S L L D I G G V E C G L I G R K E L G A C S L D I P Y G R L W V F2
Q A A F L T S G E L N A V * * A A R S S V R A A W I F P T V V F G F3
101 TCAGGCAGCCTTCTTGACATCGGGGGAGTTGAATGCGGTCTGATAGGCCGCAAGGAGCTCGGTGCGTGCAGCCTGGATATTCCCTACGGTCGTCTTTGGG 200
----:----|----:----|----:----|----:----|----:----|----:----|----:----|----:----|----:----|----:----|
S V E R R R P W * S R D * A S C T L R R S C D Q G C T G H G W R A F1
Q S N A D G L G D R V I E R L V H C G A L V T K D V P V T V G A H F2
F S R T P T A L V I A * L S V L Y T A A L L * P R M Y R S R L A R T F3
201 TTCAGTCGAACGCCGACGGCCTTGGTGATCGCGTGATTGAGCGTCTTGTACACTGCGGCGCTCTTGTGACCAAGGATGTACCGGTCACGGTTGGCGCGCA 300
----:----|----:----|----:----|----:----|----:----|----:----|----:----|----:----|----:----|----:----|
P A R S S Y * S W C V R T Q W Q R H S G * G R G T A R P F P G E P * F1
L P D R L T E V G A Y V H S G N V I R G E V G V L R D L F Q A S L F2
C Q I V L L K L V R T Y T V A T S F G V R S G Y C E T F S R R A L F3
301 CCTGCCAGATCGTCTTACTGAAGTTGGTGCGTACGTACACAGTGGCAACGTCATTCGGGGTGAGGTCGGGGTACTGCGAGACCTTTTCCAGGCGAGCCTT 400
----:----|----:----|----:----|----:----|----:----|----:----|----:----|----:----|----:----|----:----|
G R R P R R R V P W R W T L G * R S A G R P W * L R D R V R R G R F1
E G G A L G V E F L G G G R W V S G Q Q D G L G D F E T E F D V G G F2
R A A P S A S S S L A V D A G L A V S R T A L V T S R P S S T W A F3
401 GAGGGCGGCGCCCTCGGCGTCGAGTTCCTTGGCGGTGGACGCTGGGTTAGCGGTCAGCAGGACGGCCTTGGTGACTTCGAGACCGAGTTCGACGTGGGCG 500
----:----|----:----|----:----|----:----|----:----|----:----|----:----|----:----|----:----|----:----|
G * P C F G E W W * Q C E W C Q * W W R P T * S S A * S S K G R R F1
A D L V L E S G G S S V N G V N S G G D Q L D P R H D R R R V V E F2
G L T L F W R V V V A V * M V S I V V A T N L I L G M I V E G S * N F3
501 GGGCTGACCTTGTTTTGGAGAGTGGTGGTAGCAGTGTGAATGGTGTCAATAGTGGTGGCGACCAACTTGATCCTCGGCATGATCGTCGAAGGGTCGTAGA 600
----:----|----:----|----:----|----:----|----:----|----:----|----:----|----:----|----:----|----:----|
T G S P H G Q G S R * G H A G R R Q P * E D L G S G Q S S Q N R G R F1
R D P P M G K G L D E A T Q V E G S L E K I S D L V R V V R T G D F2
G I P P W A R V S M R P R R S K A A L R R S R I W S E * S E P G T F3
601 ACGGGATCCCCCCATGGGCAAGGGTCTCGATGAGGCCACGCAGGTCGAAGGCAGCCTTGAGAAGATCTCGGATCTGGTCAGAGTAGTCAGAACCGGGGAC 700
----:----|----:----|----:----|----:----|----:----|----:----|----:----|----:----|----:----|----:----|
I S V L T E G S Q Y V R S E A G C Y C E R H W P R A R G C W S P R F1
G F L Y * L K G R N M C V Q K L D A I A S V T G R E L V G A G R R D F2
D F C T D * R V A I C A F R S W M L L R A S L A E S S W V L V A E F3
701 GGATTTCTGTACTGACTGAAGGGTCGCAATATGTGCGTTCAGAAGCTGGATGCTATTGCGAGCGTCACTGGCCGAGAGCTCGTGGGTGCTGGTCGCCGAG 800
----:----|----:----|----:----|----:----|----:----|----:----|----:----|----:----|----:----|----:----|
W S S S A R Q H E H W E L T A P L V R A L R R Q G G E L Q D G S S F1
G R R R L D S M S T G S * Q R R W Y E H C A D K E G S Y K M G L L F2
M V V V G S T A * A L G A D S A A G T S I A P T R R G A T R W V F F F3
801 ATGGTCGTCGTCGGCTCGACAGCATGAGCACTGGGAGCTGACAGCGCCGCTGGTACGAGCATTGCGCCGACAAGGAGGGGAGCTACAAGATGGGTCTTCT 900
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S * R F S V Y W L R M P R S R Q A K C I G Y F G W G S V W * T A C T F1
H K G S P F I G C G C P G R G K R S V S D I L D G G R C G E R R V F2
I K V L R L L V A D A P V E A S E V Y R I F W M G V G V V N G V Y F3
901 TCATAAAGGTTCTCCGTTTATTGGTTGCGGATGCCCCGGTCGAGGCAAGCGAAGTGTATCGGATATTTTGGATGGGGGTCGGTGTGGTGAACGGCGTGTA 1000
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P F1
R X F2
A F3
1001 CGCC 1004
----