gmk allele sequence: id-223
Contig position
- sequence bin id
- 1370
- contig length
- 61482
- start
- 24869
- end
- 25268
- length
- 400
- orientation
- reverse
- complete
- yes
- method
- Illumina
Sequence
CACACCGGCC CGGTCACCGT GGCTGTCGTC TCCGGACCTA CCGCAGTTGG TAAAGGGACC GTGGTAGGGG CGCTGCTGCG TAGCCATCCG GAGATCGTCG TTTCCAGGTC GGTGACTACC CGTCCGCCGC GCCCCACTGA ACGCGATGGG ATCGATTACG ACTTCATCAC CCCTGAGCAG TTCGACAAGC TCGTTGACGG CGAGGGTCTC CTTGAGTGGG CAACCGTCCA TAACAGCCAC CGGTACGGCA CACCGCGCGG TCCTGTTGAA CGGGCAGTTG CTGACAATCG CACGGTCGTG CTGGAAATCG ATCTGCAGGG AGCTCGCCAA GTTCGCGAAA CCTATCCTCA GGCGACCCAG ATCTTCCTCG CGCCACCCTC ATGGGAGGAG CTAGTCCACC GTCTGATCGG TCGCGGCACG GAAACACCAG AGCAACAGAA GCAGCGTCTG GAGACTGCAA AGGTTGAGCT GGCCAACGCG GATGAATTTG ACGCCGTTGT CGTCAACGAC ACCGTAGATC ACGCAGTTGC GCATCTGGTA GAATTACTAA GTCTGTGACC ATATCTGGAG GACATTCCTT GACTGAGACC ACCCCTGAAG
Translation
H T G P V T V A V V S G P T A V G K G T V V G A L L R S H P E I V V F1
T P A R S P W L S S P D L P Q L V K G P W * G R C C V A I R R S S F2
H R P G H R G C R L R T Y R S W * R D R G R G A A A * P S G D R R F3
1 CACACCGGCCCGGTCACCGTGGCTGTCGTCTCCGGACCTACCGCAGTTGGTAAAGGGACCGTGGTAGGGGCGCTGCTGCGTAGCCATCCGGAGATCGTCG 100
----:----|----:----|----:----|----:----|----:----|----:----|----:----|----:----|----:----|----:----|
S R S V T T R P P R P T E R D G I D Y D F I T P E Q F D K L V D G F1
F P G R * L P V R R A P L N A M G S I T T S S P L S S S T S S L T A F2
F Q V G D Y P S A A P H * T R W D R L R L H H P * A V R Q A R * R F3
101 TTTCCAGGTCGGTGACTACCCGTCCGCCGCGCCCCACTGAACGCGATGGGATCGATTACGACTTCATCACCCCTGAGCAGTTCGACAAGCTCGTTGACGG 200
----:----|----:----|----:----|----:----|----:----|----:----|----:----|----:----|----:----|----:----|
E G L L E W A T V H N S H R Y G T P R G P V E R A V A D N R T V V F1
R V S L S G Q P S I T A T G T A H R A V L L N G Q L L T I A R S C F2
R G S P * V G N R P * Q P P V R H T A R S C * T G S C * Q S H G R A F3
201 CGAGGGTCTCCTTGAGTGGGCAACCGTCCATAACAGCCACCGGTACGGCACACCGCGCGGTCCTGTTGAACGGGCAGTTGCTGACAATCGCACGGTCGTG 300
----:----|----:----|----:----|----:----|----:----|----:----|----:----|----:----|----:----|----:----|
L E I D L Q G A R Q V R E T Y P Q A T Q I F L A P P S W E E L V H R F1
W K S I C R E L A K F A K P I L R R P R S S S R H P H G R S * S T F2
G N R S A G S S P S S R N L S S G D P D L P R A T L M G G A S P P F3
301 CTGGAAATCGATCTGCAGGGAGCTCGCCAAGTTCGCGAAACCTATCCTCAGGCGACCCAGATCTTCCTCGCGCCACCCTCATGGGAGGAGCTAGTCCACC 400
----:----|----:----|----:----|----:----|----:----|----:----|----:----|----:----|----:----|----:----|
L I G R G T E T P E Q Q K Q R L E T A K V E L A N A D E F D A V V F1
V * S V A A R K H Q S N R S S V W R L Q R L S W P T R M N L T P L S F2
S D R S R H G N T R A T E A A S G D C K G * A G Q R G * I * R R C F3
401 GTCTGATCGGTCGCGGCACGGAAACACCAGAGCAACAGAAGCAGCGTCTGGAGACTGCAAAGGTTGAGCTGGCCAACGCGGATGAATTTGACGCCGTTGT 500
----:----|----:----|----:----|----:----|----:----|----:----|----:----|----:----|----:----|----:----|
V N D T V D H A V A H L V E L L S L * P Y L E D I P * L R P P L K F1
S T T P * I T Q L R I W * N Y * V C D H I W R T F L D * D H P * X F2
R Q R H R R S R S C A S G R I T K S V T I S G G H S L T E T T P E X F3
501 CGTCAACGACACCGTAGATCACGCAGTTGCGCATCTGGTAGAATTACTAAGTCTGTGACCATATCTGGAGGACATTCCTTGACTGAGACCACCCCTGAAG 600
----:----|----:----|----:----|----:----|----:----|----:----|----:----|----:----|----:----|----:----|