ccpA allele sequence: id-54
Contig position
- sequence bin id
- 2
- contig length
- 4388022
- start
- 3215008
- end
- 3215568
- length
- 561
- orientation
- reverse
- complete
- yes
- method
- Illumina
Sequence
TACATGAAAA TGTTTATGCT ATAGGAAAAG AAAAGTGTAC CCAGTTGAAG GAGTGGTAAA AATGAGTAAT GTGACAATAT ATGATGTAGC ACGCGAAGCA AATGTAAGTA TGGCAACCGT TTCCAGGGTT GTGAACGGAA ATCCGAACGT CAAGCCGACG ACGAGAAAGA AGGTGCTTGA AGCCATCGAG CGTCTTGGCT ATCGTCCAAA TGCCGTGGCA AGGGGCCTTG CAAGCAAAAA GACGACGACT GTCGGCGTGA TCATTCCCGA TATTTCCAGC ATCTTTTATT CAGAGCTGGC GAGGGGAATC GAAGATATCG CAACGATGTA CAAGTACAAT ATTATTTTGA GCAACTCCGA CCAGAATATG GACAAAGAAC TTCATCTTTT GAATACGATG CTGGGAAAAC AAGTTGACGG TATCGTCTTT ATGAGTGGAA ATGTCACTGA AGAGCATGTG GAGGAGTTTA AGCGGTCACC AGTTCCGATC GTGCTTGCGG CATCTGTTGA AGAAAAAGGG GAAACGCCGT CGGTTGCGAT CGATTATGAA CAGGCGATTT ATGATGCGGC TACCATGCTG ATTGAAAAAG GCCATAAGCG CCTTGCGTTT GTATCAGGAC CTATGACTGA GCCGGTCAAT CAAGCGAAAA AACTTCAAGG CTTTAAAAGA GCGCTTGAGG ATAAGGGGCT GACATTTAAA GAAGAGTATG TCGCAGAAGG CGATTATACG TACGATTCAG GAATGGAAGC GCTGGAGGCG C
Translation
Y M K M F M L * E K K S V P S * R S G K N E * C D N I * C S T R S K F1
T * K C L C Y R K R K V Y P V E G V V K M S N V T I Y D V A R E A F2
H E N V Y A I G K E K C T Q L K E W * K * V M * Q Y M M * H A K Q F3
1 TACATGAAAATGTTTATGCTATAGGAAAAGAAAAGTGTACCCAGTTGAAGGAGTGGTAAAAATGAGTAATGTGACAATATATGATGTAGCACGCGAAGCA 100
----:----|----:----|----:----|----:----|----:----|----:----|----:----|----:----|----:----|----:----|
C K Y G N R F Q G C E R K S E R Q A D D E K E G A * S H R A S W L F1
N V S M A T V S R V V N G N P N V K P T T R K K V L E A I E R L G Y F2
M * V W Q P F P G L * T E I R T S S R R R E R R C L K P S S V L A F3
101 AATGTAAGTATGGCAACCGTTTCCAGGGTTGTGAACGGAAATCCGAACGTCAAGCCGACGACGAGAAAGAAGGTGCTTGAAGCCATCGAGCGTCTTGGCT 200
----:----|----:----|----:----|----:----|----:----|----:----|----:----|----:----|----:----|----:----|
S S K C R G K G P C K Q K D D D C R R D H S R Y F Q H L L F R A G F1
R P N A V A R G L A S K K T T T V G V I I P D I S S I F Y S E L A F2
I V Q M P W Q G A L Q A K R R R L S A * S F P I F P A S F I Q S W R F3
201 ATCGTCCAAATGCCGTGGCAAGGGGCCTTGCAAGCAAAAAGACGACGACTGTCGGCGTGATCATTCCCGATATTTCCAGCATCTTTTATTCAGAGCTGGC 300
----:----|----:----|----:----|----:----|----:----|----:----|----:----|----:----|----:----|----:----|
E G N R R Y R N D V Q V Q Y Y F E Q L R P E Y G Q R T S S F E Y D A F1
R G I E D I A T M Y K Y N I I L S N S D Q N M D K E L H L L N T M F2
G E S K I S Q R C T S T I L F * A T P T R I W T K N F I F * I R C F3
301 GAGGGGAATCGAAGATATCGCAACGATGTACAAGTACAATATTATTTTGAGCAACTCCGACCAGAATATGGACAAAGAACTTCATCTTTTGAATACGATG 400
----:----|----:----|----:----|----:----|----:----|----:----|----:----|----:----|----:----|----:----|
G K T S * R Y R L Y E W K C H * R A C G G V * A V T S S D R A C G F1
L G K Q V D G I V F M S G N V T E E H V E E F K R S P V P I V L A A F2
W E N K L T V S S L * V E M S L K S M W R S L S G H Q F R S C L R F3
401 CTGGGAAAACAAGTTGACGGTATCGTCTTTATGAGTGGAAATGTCACTGAAGAGCATGTGGAGGAGTTTAAGCGGTCACCAGTTCCGATCGTGCTTGCGG 500
----:----|----:----|----:----|----:----|----:----|----:----|----:----|----:----|----:----|----:----|
I C * R K R G N A V G C D R L * T G D L * C G Y H A D * K R P * A F1
S V E E K G E T P S V A I D Y E Q A I Y D A A T M L I E K G H K R F2
H L L K K K G K R R R L R S I M N R R F M M R L P C * L K K A I S A F3
501 CATCTGTTGAAGAAAAAGGGGAAACGCCGTCGGTTGCGATCGATTATGAACAGGCGATTTATGATGCGGCTACCATGCTGATTGAAAAAGGCCATAAGCG 600
----:----|----:----|----:----|----:----|----:----|----:----|----:----|----:----|----:----|----:----|
P C V C I R T Y D * A G Q S S E K T S R L * K S A * G * G A D I * R F1
L A F V S G P M T E P V N Q A K K L Q G F K R A L E D K G L T F K F2
L R L Y Q D L * L S R S I K R K N F K A L K E R L R I R G * H L K F3
601 CCTTGCGTTTGTATCAGGACCTATGACTGAGCCGGTCAATCAAGCGAAAAAACTTCAAGGCTTTAAAAGAGCGCTTGAGGATAAGGGGCTGACATTTAAA 700
----:----|----:----|----:----|----:----|----:----|----:----|----:----|----:----|----:----|----:----|
R V C R R R R L Y V R F R N G S A G G A F1
E E Y V A E G D Y T Y D S G M E A L E A X F2
K S M S Q K A I I R T I Q E W K R W R R F3
701 GAAGAGTATGTCGCAGAAGGCGATTATACGTACGATTCAGGAATGGAAGCGCTGGAGGCGC 761
----:----|----:----|----:----|----:----|----:----|----:----|-