BACT000004 (rpsD) allele sequence: id-331
Contig position
- sequence bin id
- 3651
- contig length
- 215670
- start
- 12785
- end
- 13408
- length
- 624
- orientation
- forward
- complete
- yes
- method
- Illumina
Sequence
GGCGTTGCTT TTTTGATTGA CTAAGCCCAC CGTTCGCCCC AAAGGGAGCG GACTAGCGCG GATTCCGATC CGCGTGACCG ATTGATAAAA GGAATGCAAA GTGGCACGTT ATATCGGCCC TAAAGCCAAG CTGTCCCGCC GTGAAGGCAC CGACCTGTTC CTGAAGAGCG CGCGTCGCTC GCTCGCCGAC AAGTGCAAGC TCGACAGCAA GCCGGGTCAG CACGGCCGTA CCTCGGGCGC ACGTACGTCC GACTACGGCA CGCAGCTGCG TGAAAAGCAA AAGGTCAAGC GTATCTACGG CGTGCTGGAG CGTCAGTTCC GCCGCTACTT CGCCGAAGCC GACCGCCGCA AGGGCAACAC GGGTGAAAAC CTGCTGCAAC TGCTCGAATC GCGCCTCGAC AACGTCGTGT ATCGCATGGG CTTCGGCTCG ACCCGCGCTG AAGCGCGTCA GCTCGTCAGC CACAAGTCGA TCACGGTGAA CGGCATCGTC GCGAACGTGC CGTCGCAGCA AGTGAAGGCA GGCGACGTCA TCGCGATCCG CGAAAAGGCG AAGAAGCAGG CACGTATCAT CGAAGCGCTG TCGCTGGCCG AGCAAGGCGG CATGCCGAGC TGGGTTGCAG TCGATGCGAA GAAGTTCGAA GGTACGTTCA AGCAAGTGCC GGAACGCGCC GACATCGGCG GCGACATCAA CGAAAGCCTG ATCGTCGAAT TGTATTCGCG TTAATCCGAT TGACGGCCGA GGTACCCCGA TTGCGTGCAG CAAGGGGTGA CCTCGGCTGT TTATTTTCAG GGTGTTACCG GTCAGCCTTA TCGGTGTAAC GAGC
Translation
G V A F L I D * A H R S P Q R E R T S A D S D P R D R L I K G M Q S F1
A L L F * L T K P T V R P K G S G L A R I P I R V T D * * K E C K F2
R C F F D * L S P P F A P K G A D * R G F R S A * P I D K R N A K F3
1 GGCGTTGCTTTTTTGATTGACTAAGCCCACCGTTCGCCCCAAAGGGAGCGGACTAGCGCGGATTCCGATCCGCGTGACCGATTGATAAAAGGAATGCAAA 100
----:----|----:----|----:----|----:----|----:----|----:----|----:----|----:----|----:----|----:----|
G T L Y R P * S Q A V P P * R H R P V P E E R A S L A R R Q V Q A F1
V A R Y I G P K A K L S R R E G T D L F L K S A R R S L A D K C K L F2
W H V I S A L K P S C P A V K A P T C S * R A R V A R S P T S A S F3
101 GTGGCACGTTATATCGGCCCTAAAGCCAAGCTGTCCCGCCGTGAAGGCACCGACCTGTTCCTGAAGAGCGCGCGTCGCTCGCTCGCCGACAAGTGCAAGC 200
----:----|----:----|----:----|----:----|----:----|----:----|----:----|----:----|----:----|----:----|
R Q Q A G S A R P Y L G R T Y V R L R H A A A * K A K G Q A Y L R F1
D S K P G Q H G R T S G A R T S D Y G T Q L R E K Q K V K R I Y G F2
S T A S R V S T A V P R A H V R P T T A R S C V K S K R S S V S T A F3
201 TCGACAGCAAGCCGGGTCAGCACGGCCGTACCTCGGGCGCACGTACGTCCGACTACGGCACGCAGCTGCGTGAAAAGCAAAAGGTCAAGCGTATCTACGG 300
----:----|----:----|----:----|----:----|----:----|----:----|----:----|----:----|----:----|----:----|
R A G A S V P P L L R R S R P P Q G Q H G * K P A A T A R I A P R Q F1
V L E R Q F R R Y F A E A D R R K G N T G E N L L Q L L E S R L D F2
C W S V S S A A T S P K P T A A R A T R V K T C C N C S N R A S T F3
301 CGTGCTGGAGCGTCAGTTCCGCCGCTACTTCGCCGAAGCCGACCGCCGCAAGGGCAACACGGGTGAAAACCTGCTGCAACTGCTCGAATCGCGCCTCGAC 400
----:----|----:----|----:----|----:----|----:----|----:----|----:----|----:----|----:----|----:----|
R R V S H G L R L D P R * S A S A R Q P Q V D H G E R H R R E R A F1
N V V Y R M G F G S T R A E A R Q L V S H K S I T V N G I V A N V P F2
T S C I A W A S A R P A L K R V S S S A T S R S R * T A S S R T C F3
401 AACGTCGTGTATCGCATGGGCTTCGGCTCGACCCGCGCTGAAGCGCGTCAGCTCGTCAGCCACAAGTCGATCACGGTGAACGGCATCGTCGCGAACGTGC 500
----:----|----:----|----:----|----:----|----:----|----:----|----:----|----:----|----:----|----:----|
V A A S E G R R R H R D P R K G E E A G T Y H R S A V A G R A R R F1
S Q Q V K A G D V I A I R E K A K K Q A R I I E A L S L A E Q G G F2
R R S K * R Q A T S S R S A K R R R S R H V S S K R C R W P S K A A F3
501 CGTCGCAGCAAGTGAAGGCAGGCGACGTCATCGCGATCCGCGAAAAGGCGAAGAAGCAGGCACGTATCATCGAAGCGCTGTCGCTGGCCGAGCAAGGCGG 600
----:----|----:----|----:----|----:----|----:----|----:----|----:----|----:----|----:----|----:----|
H A E L G C S R C E E V R R Y V Q A S A G T R R H R R R H Q R K P D F1
M P S W V A V D A K K F E G T F K Q V P E R A D I G G D I N E S L F2
C R A G L Q S M R R S S K V R S S K C R N A P T S A A T S T K A * F3
601 CATGCCGAGCTGGGTTGCAGTCGATGCGAAGAAGTTCGAAGGTACGTTCAAGCAAGTGCCGGAACGCGCCGACATCGGCGGCGACATCAACGAAAGCCTG 700
----:----|----:----|----:----|----:----|----:----|----:----|----:----|----:----|----:----|----:----|
R R I V F A L I R L T A E V P R L R A A R G D L G C L F S G C Y R F1
I V E L Y S R * S D * R P R Y P D C V Q Q G V T S A V Y F Q G V T G F2
S S N C I R V N P I D G R G T P I A C S K G * P R L F I F R V L P F3
701 ATCGTCGAATTGTATTCGCGTTAATCCGATTGACGGCCGAGGTACCCCGATTGCGTGCAGCAAGGGGTGACCTCGGCTGTTTATTTTCAGGGTGTTACCG 800
----:----|----:----|----:----|----:----|----:----|----:----|----:----|----:----|----:----|----:----|
S A L S V * R A F1
Q P Y R C N E X F2
V S L I G V T S F3
801 GTCAGCCTTATCGGTGTAACGAGC 824
----:----|----:----|----